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- PDB-1tz7: Aquifex aeolicus amylomaltase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tz7
タイトルAquifex aeolicus amylomaltase
要素4-alpha-glucanotransferase
キーワードTRANSFERASE / (beta / alpha)8- barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase activity / : / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 77 / 4-alpha-glucanotransferase / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-alpha-glucanotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Barends, T.R.M. / Korf, H. / Kaper, T. / van der Maarel, M.J.E.C. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structural influences on product specificity in amylomaltase from Aquifex aeolicus
著者: Barends, T.R.M. / Korf, H. / Kaper, T. / van der Maarel, M.J.E.C. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録2004年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-alpha-glucanotransferase
B: 4-alpha-glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,7523
ポリマ－120,6332
非ポリマー1181
水3,783210
1
A: 4-alpha-glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4352
ポリマ－60,3171
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: 4-alpha-glucanotransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3171
ポリマ－60,3171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
A: 4-alpha-glucanotransferase
ヘテロ分子

A: 4-alpha-glucanotransferase
ヘテロ分子

B: 4-alpha-glucanotransferase

B: 4-alpha-glucanotransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,5036
ポリマ－241,2674
非ポリマー2362
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z+1/21
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
Buried area12620 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area74170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.745, 156.745, 169.161
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 1 - 485 / Label seq-ID: 21 - 505

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細Molecule A and B each represent the biologically relevant monomer

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要素

#1: タンパク質 4-alpha-glucanotransferase / Amylomaltase / Disproportionating enzyme / D-enzyme


分子量: 60316.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66937, 4-alpha-glucanotransferase
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2-methyl-2,4-pentanediol, ammonium sulfate, Tris/HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月15日 / 詳細: Sagitally focusing Ge220 and multilayer
放射モノクロメーター: Diamond (111) and Ge (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 75895 / Num. obs: 75895 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.727 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Thermus thermophilus amylomaltase

解像度: 2.15→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 5.331 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24256 3358 5 %RANDOM
Rwork0.21469 ---
all0.21608 63203 --
obs0.21608 63203 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.124 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.26 Å20.63 Å20 Å2
2--1.26 Å20 Å2
3----1.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8290 0 8 210 8508
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0218548
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.027660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6861.95311543
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.711317797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2385973
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.029421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021971
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.21797
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2370.28409
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.24661
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0930.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2260.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1220.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8361.54860
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.46927825
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.90163688
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.546103718
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 7921 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.080.05
tight thermal0.10.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.205 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.287 241
Rwork0.243 4486

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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