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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tyw | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF TAILSPIKE-PROTEIN | |||||||||
要素 | TAILSPIKE PROTEIN | |||||||||
キーワード | VIRAL ADHESION PROTEIN / COMPLEX / RECEPTOR / ENDOGLYCOSIDASE CARBOHYDRATE / CELL RECEPTOR / RECOGNITION / BINDING PROTEIN LIPOPOLYSACCHARIDE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endo-1,3-alpha-L-rhamnosidase activity / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope lipopolysaccharide / virus tail, fiber / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / symbiont entry into host / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / virion attachment to host cell 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Enterobacteria phage P22 (ファージ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Steinbacher, S. / Huber, R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996 タイトル: Crystal structure of phage P22 tailspike protein complexed with Salmonella sp. O-antigen receptors. 著者: Steinbacher, S. / Baxa, U. / Miller, S. / Weintraub, A. / Seckler, R. / Huber, R. #1: ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1996 タイトル: Interactions of Phage P22 Tails with Their Cellular Receptor, Salmonella O-Antigen Polysaccharide 著者: Baxa, U. / Steinbacher, S. / Miller, S. / Weintraub, A. / Huber, R. / Seckler, R. #2: ジャーナル: Science / 年: 1994 タイトル: Crystal Structure of P22 Tailspike Protein: Interdigitated Subunits in a Thermostable Trimer 著者: Steinbacher, S. / Seckler, R. / Miller, S. / Steipe, B. / Huber, R. / Reinemer, P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tyw.cif.gz | 123.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tyw.ent.gz | 92.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tyw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/1tyw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/1tyw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59616.648 Da / 分子数: 1 断片: RESIDUES 109-666 LACKING THE N-TERMINAL, HEAD-BINDING DOMAIN 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage P22 (ファージ) 属: P22-like viruses / 遺伝子: PHAGE P22 GENE 9 / 遺伝子 (発現宿主): PHAGE P22 GENE 9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12528 |
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#2: 多糖 | alpha-D-galactopyranose-(1-2)-[alpha-D-Tyvelopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-L- ...alpha-D-galactopyranose-(1-2)-[alpha-D-Tyvelopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-L-rhamnopyranose-(1-3)-[alpha-D-glucopyranose-(1-4)]alpha-D-galactopyranose-(1-2)-[alpha-D-Tyvelopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-L-rhamnopyranose |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.19 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: COMPLEX FORMED BY SOAKING WITH DECASACCHARIDE FROM S. TYPHI 253TY O-ANTIGEN AT PH 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 10 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop contained 0.005 ml of drop solution and 0.003 ml of precipitant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年8月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 53243 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. measured all: 258313 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.4 % / Rmerge(I) obs: 0.274 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |