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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1typ | ||||||
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タイトル | SUBSTRATE INTERACTIONS BETWEEN TRYPANOTHIONE REDUCTASE AND N1-GLUTATHIONYLSPERMIDINE DISULPHIDE AT 0.28-NM RESOLUTION | ||||||
![]() | TRYPANOTHIONE REDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() trypanothione-disulfide reductase / trypanothione-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Bailey, S. / Hunter, W.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Substrate interactions between trypanothione reductase and N1-glutathionylspermidine disulphide at 0.28-nm resolution. 著者: Bailey, S. / Smith, K. / Fairlamb, A.H. / Hunter, W.N. #1: ![]() タイトル: Active Site of Trypanothione Reductase: A Target for Rational Drug Design 著者: Hunter, W.N. / Bailey, S. / Habash, J. / Harrop, S.J. / Helliwell, J.R. / Abogye-Kwarteng, T. / Smith, K. / Fairlamb, A.H. #2: ![]() タイトル: Crystal Structures of Two Viral Peptides in Complex with Murine Mhc Class I H-2KB 著者: Fremont, D.H. / Matsumura, M. / Stura, E.A. / Peterson, P.A. / Wilson, I.A. #3: ![]() タイトル: Initiating a Crystallographic Study of Trypanothione Reductase 著者: Hunter, W.N. / Smith, K. / Derewenda, Z. / Harrop, S.J. / Habash, J. / Islam, M.S. / Helliwell, J.R. / Fairlamb, A.H. #4: ![]() タイトル: A Large Increase in Enzyme-Substrate Affinity by Protein Engineering 著者: Wilkinson, A.J. / Fersht, A.R. / Blow, D.M. / Carter, P. / Winter, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 213.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 168.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 43 / 2: CIS PROLINE - PRO A 370 / 3: CIS PROLINE - PRO A 462 / 4: CIS PROLINE - PRO B 43 / 5: CIS PROLINE - PRO B 370 / 6: CIS PROLINE - PRO B 462 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 52901.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 412分子 ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/GSH.gif)
![](data/chem/img/SPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/GSH.gif)
![](data/chem/img/SPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GSH / #5: 化合物 | ChemComp-SPD / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | N1-GLUTATHION |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.07 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 8.85 Å / Num. obs: 35848 / % possible obs: 70 % / Rmerge(I) obs: 0.096 |
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反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.95 Å / % possible obs: 36.9 % / Num. possible: 5076 / Rmerge(I) obs: 0.24 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.8→8 Å / σ(F): 1 詳細: REFERENCE 1 DESCRIBES THE STRUCTURE SOLUTION BY MOLECULAR REPLACEMENT AND PARTIAL REFINEMENT TO ALLOW DETAILS OF THE ACTIVE SITE TO BE PRESENTED.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 32393 / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.148 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.3 |