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- PDB-1twl: Inorganic pyrophosphatase from Pyrococcus furiosus Pfu-264096-001 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1twl
タイトルInorganic pyrophosphatase from Pyrococcus furiosus Pfu-264096-001
要素Inorganic pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / inorganic pyrophosphatase / structural genomics / protein structure initiative / PSI / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Zhou, W. / Tempel, W. / Liu, Z.-J. / Chen, L. / Clancy Kelley, L.-L. / Dillard, B.D. / Hopkins, R.C. / Arendall III, W.B. / Rose, J.P. / Eneh, J.C. ...Zhou, W. / Tempel, W. / Liu, Z.-J. / Chen, L. / Clancy Kelley, L.-L. / Dillard, B.D. / Hopkins, R.C. / Arendall III, W.B. / Rose, J.P. / Eneh, J.C. / Hopkins, R.C. / Jenney Jr., F.E. / Lee, H.S. / Li, T. / Poole II, F.L. / Shah, C. / Sugar, F.J. / Adams, M.W.W. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Inorganic pyrophosphatase from Pyrococcus furiosus Pfu-264096-001
著者: Zhou, W. / Tempel, W. / Liu, Z.-J. / Chen, L. / Clancy Kelley, L.-L. / Dillard, B.D. / Hopkins, R.C. / Arendall III, W.B. / Rose, J.P. / ENEH, J.C. / HOPKINS, R.C. / JENNEY JR., F.E. / LEE, H. ...著者: Zhou, W. / Tempel, W. / Liu, Z.-J. / Chen, L. / Clancy Kelley, L.-L. / Dillard, B.D. / Hopkins, R.C. / Arendall III, W.B. / Rose, J.P. / ENEH, J.C. / HOPKINS, R.C. / JENNEY JR., F.E. / LEE, H.S. / LI, T. / POOLE II, F.L. / SHAH, C. / SUGAR, F.J. / ADAMS, M.W.W. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics
履歴
登録2004年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8551
ポリマ－21,8551
非ポリマー00
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Inorganic pyrophosphatase
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,1306
ポリマ－131,1306
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_544y+1/3,x-1/3,-z-1/31
crystal symmetry operation17_554x-y+1/3,-y+2/3,-z-1/31
crystal symmetry operation18_654-x+4/3,-x+y+2/3,-z-1/31
Buried area14890 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area35260 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)113.434, 113.434, 73.313
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-208-

HOH

21A-213-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Inorganic pyrophosphatase / Pyrophosphate phospho-hydrolase / PPase


分子量: 21855.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PPA, PF0257 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U438, inorganic diphosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.73 %
結晶化温度: 291 K / pH: 8.6
詳細: 1.5M K2HPO4, 0.1M TRIS-HCL, pH 8.6, modified microbatch, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 9314 / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.2-2.280.381199.7
2.28-2.370.3231100
2.37-2.480.2641100
2.48-2.610.2061100
2.61-2.770.1651100
2.77-2.990.1091100
2.99-3.290.0751100
3.29-3.760.0631100
3.76-4.730.0561100
4.73-300.0521100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Translation3 Å15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
REFMACrefmac_5.2.0003精密化
PDB_EXTRACT1データ抽出
MAR345データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UDE

1ude


解像度: 2.201→29.361 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.223 / SU ML: 0.159 / SU R Cruickshank DPI: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.23 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2574 447 4.8 %RANDOM
Rwork0.1936 ---
all0.197 ---
obs0.19657 9313 99.903 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 28.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.024 Å2-0.012 Å20 Å2
2---0.024 Å20 Å2
3---0.036 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.201→29.361 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1370 0 0 35 1405
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221417
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3111.961928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79533001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3245170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.51523.22662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.96115225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.23158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021557
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02300
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.21233
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.2677
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.2793
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.240.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3682892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5752340
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.43531394
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9831172
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1422624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.73521230
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1573534
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.43231829
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.201-2.2580.311360.25765069598.705
2.258-2.320.406290.228618647100
2.32-2.3860.254290.233612641100
2.386-2.4590.33310.226603634100
2.459-2.5390.344240.2573597100
2.539-2.6280.367250.22559584100
2.628-2.7260.34340.232546580100
2.726-2.8360.279320.227505537100
2.836-2.9610.319260.211496522100
2.961-3.1040.267250.194476501100
3.104-3.270.319210.217465486100
3.27-3.4660.409200.189432452100
3.466-3.7010.178220.168411433100
3.701-3.9930.158140.142380394100
3.993-4.3660.189220.137358380100
4.366-4.8680.178210.142310331100
4.868-5.5950.155120.157289301100
5.595-6.7910.276120.199252264100
6.791-9.3570.20990.239198207100
9.357-29.3610.41430.267133136100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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