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- PDB-1ude: Crystal structure of the Inorganic pyrophosphatase from the hyper... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ude
タイトルCrystal structure of the Inorganic pyrophosphatase from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii OT3
要素Inorganic pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / inorganic pyrophosphatase X-ray crystallographic analysis
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Liu, B. / Gao, R. / Zhou, W. / Bartlam, M. / Rao, Z.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the hyperthermophilic inorganic pyrophosphatase from the archaeon Pyrococcus horikoshii.
著者: Liu, B. / Bartlam, M. / Gao, R. / Zhou, W. / Pang, H. / Liu, Y. / Feng, Y. / Rao, Z.
履歴
登録2003年4月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase
C: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4103
ポリマ－68,4103
非ポリマー00
水1,67593
1
A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase
C: Inorganic pyrophosphatase

A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase
C: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,8196
ポリマ－136,8196
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area15360 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area37250 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.827, 86.687, 92.823
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a hexamer generated from the trimer in the asymmetric unit by crystallographic quadratic operations

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要素

#1: タンパク質 Inorganic pyrophosphatase


分子量: 22803.168 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: PPA / プラスミド: PET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BE21 / 参照: UniProt: O59570, inorganic diphosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG 4000, Na Acetete, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 5.2 / PH range high: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
23.8 %PEG40001reservoir
30.1 Msodium acetate1reservoirpH5.0-5.2
40.02 M1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→50 Å / Num. obs: 17030 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.93 % / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル解像度: 2.66→2.9 Å / % possible all: 98
反射
*PLUS
Num. measured all: 118041
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 4.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.66→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: inorganic pyrophosphatase Sulfolobus acidocaldarius (S-PPase)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2765 1687 10 %RANDOM
Rwork0.2324 ---
all0.24 16857 --
obs0.24 16857 98.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4145 0 0 93 4238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01282
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.94722
LS精密化 シェル解像度: 2.66→2.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 268 10.6 %
Rwork0.322 2268 -
obs--90.7 %
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 117986
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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