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万見
- PDB-1tvb: Crystal structure of Melanoma Antigen gp100(209-217) Bound to Hum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tvb
タイトルCrystal structure of Melanoma Antigen gp100(209-217) Bound to Human Class I MHC HLA-A2
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • epitope of Melanocyte protein Pmel 17
キーワードIMMUNE SYSTEM / Melanoma / X-ray / gp100 / peptide / MHC / HLA-A2
機能・相同性
機能・相同性情報


cis-Golgi network membrane / positive regulation of melanin biosynthetic process / melanin biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / multivesicular body, internal vesicle / multivesicular body membrane / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding ...cis-Golgi network membrane / positive regulation of melanin biosynthetic process / melanin biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / multivesicular body, internal vesicle / multivesicular body membrane / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / antibacterial humoral response / positive regulation of cellular senescence / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / melanosome / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation
類似検索 - 分子機能
PKD- and KLD-Associated Transmembrane / PKAT, KLD domain / PKAT, KLD domain / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...PKD- and KLD-Associated Transmembrane / PKAT, KLD domain / PKAT, KLD domain / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Melanocyte protein PMEL / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Borbulevych, O.Y. / Baker, B.M.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2005
タイトル: Increased Immunogenicity of an Anchor-Modified Tumor-Associated Antigen Is Due to the Enhanced Stability of the Peptide/MHC Complex: Implications for Vaccine Design
著者: Borbulevych, O.Y. / Baxter, T.K. / Yu, Z. / Restifo, N.P. / Baker, B.M.
履歴
登録2004年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: epitope of Melanocyte protein Pmel 17
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: epitope of Melanocyte protein Pmel 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,50328
ポリマ－89,4776
非ポリマー2,02622
水16,754930
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: epitope of Melanocyte protein Pmel 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,56812
ポリマ－44,7393
非ポリマー8299
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18120 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: epitope of Melanocyte protein Pmel 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,93616
ポリマ－44,7393
非ポリマー1,19713
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7920 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.388, 84.452, 84.016
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 断片: alpha-chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: pHN1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 断片: beta-chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / プラスミド: pLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pHN1 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド epitope of Melanocyte protein Pmel 17


分子量: 1005.121 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 209-217 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: sequence occurs naturally in humans / 参照: UniProt: P40967
#4: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 930 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3350, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月21日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 75417 / Num. obs: 74663 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 2.619 / SU ML: 0.082 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21618 3748 5 %RANDOM
Rwork0.16486 ---
obs0.16743 70516 98.96 %-
all-75044 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.691 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å20 Å2-0.35 Å2
2--1.14 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6310 0 132 930 7372
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0216610
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9461.938928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2935762
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1760.2900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025120
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1620.0753069
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.51254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1210.07573
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2160.594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0111.53830
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80826178
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.13732780
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9374.52750
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.845 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.238 249
Rwork0.202 4981
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1032-0.07221.29570.34620.41831.9568-0.0509-0.0860.05970.07040.050.011-0.05110.06050.00080.0776-0.01630.03430.0827-0.00120.06385.43162.914135.3806
22.07680.4287-0.85280.9683-0.52193.8911-0.00970.07690.1179-0.06430.0560.0014-0.2005-0.0335-0.04630.0620.00640.00560.001-0.00340.048736.04746.103919.0263
33.867-0.51880.65671.2341-0.22571.21860.0763-0.0369-0.30730.0178-0.0217-0.04330.16020.001-0.05460.0917-0.0139-0.01240.03530.00650.066225.8646-11.916927.1352
415.4616.59516.14513.55584.902115.03520.1417-0.8527-0.17360.261-0.07280.10170.2744-0.598-0.06890.14740.04220.02240.1452-0.0270.1325-2.31423.483138.1286
51.8969-0.033-0.68440.4404-0.19641.6057-0.0105-0.1662-0.12220.06340.0088-0.00590.0385-0.17590.00160.0727-0.0181-0.01810.09920.02880.080823.65637.605820.1476
62.74220.12911.80371.07890.18453.9650.08310.0824-0.2096-0.10130.00330.03340.17330.1621-0.08640.06770.01210.00860.04350.00480.0595-6.959534.47273.7529
73.4104-0.6723-0.42761.64120.22831.41210.0172-0.10190.21020.0566-0.02430.0315-0.0864-0.13110.0070.0646-0.01380.0090.0905-0.01530.05343.102452.496311.8988
815.29048.8553-16.17355.2358-7.824923.40870.1429-0.38990.30810.28850.11250.1322-0.24160.3036-0.25540.11110.0347-0.02170.05230.0370.154831.285536.880923.0647
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1821 - 182
2X-RAY DIFFRACTION2AA183 - 275183 - 275
3X-RAY DIFFRACTION3BB0 - 991 - 100
4X-RAY DIFFRACTION4CC1 - 91 - 9
5X-RAY DIFFRACTION5DD1 - 1821 - 182
6X-RAY DIFFRACTION6DD183 - 275183 - 275
7X-RAY DIFFRACTION7EE0 - 991 - 100
8X-RAY DIFFRACTION8FF1 - 91 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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