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万見
- PDB-1tv5: Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase with a bound i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tv5
タイトルPlasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase with a bound inhibitor
要素Dihydroorotate dehydrogenase homolog, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-beta barrel / tim barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrimidine biosynthesis / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A26 / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OROTIC ACID / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hurt, D.E. / Widom, J. / Clardy, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase with a bound inhibitor.
著者: Hurt, D.E. / Widom, J. / Clardy, J.
履歴
登録2004年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年7月18日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase homolog, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9407
ポリマ－50,2601
非ポリマー1,6806
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Dihydroorotate dehydrogenase homolog, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Dihydroorotate dehydrogenase homolog, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Dihydroorotate dehydrogenase homolog, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,82021
ポリマ－150,7813
非ポリマー5,03918
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area14520 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area41300 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.428, 105.428, 276.632
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Cell settingtrigonal
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1006-

SO4

21A-1006-

SO4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase homolog, mitochondrial / E.C.1.3.3.1,E.C.1.3.99.11 / Dihydroorotate oxidase / DHOdehase / dihydroorotate dehydrogenase


分子量: 50260.262 Da / 分子数: 1 / 断片: Fully functional N-terminal deletion mutant / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: dhod / プラスミド: pRSET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q08210, EC: 1.3.99.11, EC: 1.3.3.1

-
非ポリマー , 6種, 218分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-A26 / (2Z)-2-cyano-3-hydroxy-N-[4-(trifluoromethyl)phenyl]but-2-enamide / ANTIPROLIFERATIVE AGENT A771726 / N-[4-(トリフルオロメチル)フェニル]-2-シアノ-3-ヒドロキシ-2-ブテンアミド


分子量: 270.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9F3N2O2 / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#5: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#6: 化合物 ChemComp-N8E / 3,6,9,12,15-PENTAOXATRICOSAN-1-OL / N-OCTYLPENTAOXYETHYLENE / PENTAETHYLENE GLYCOL MONOOCTYL ETHER / OCTYLPENTAGLYCOL N-OCTYLPENTAOXYETHYLENE / ペンタエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 350.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O6 / コメント: C8E5, 可溶化剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.3
詳細: ammonium sulfate, sodium acetate, C8E5, dihydroorotic acid, A77 1726, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9474 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月10日
放射モノクロメーター: Horizontal focussing, 5.05 deg asymmetric cut Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9474 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 23068 / Num. obs: 23068 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.52 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3376 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
RESOLVEモデル構築
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Homo sapiens DHODH, PDB ID: 1D3H

1d3h


解像度: 2.4→33.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2853804.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Sulfate ion was in a special position and could not be refined
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1139 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
all0.208 22925 --
obs0.2011 21786 97.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.9279 Å2 / ksol: 0.400789 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.78 Å22.74 Å20 Å2
2--3.78 Å20 Å2
3----7.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→33.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2944 0 114 212 3270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.242
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.382.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 186 4.9 %
Rwork0.22 3649 -
obs-3810 98.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2LIGS.PARAMLIGS.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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