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万見
- PDB-1tuk: Crystal structure of liganded type 2 non specific lipid transfer ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tuk
タイトルCrystal structure of liganded type 2 non specific lipid transfer protein from wheat
要素Nonspecific lipid-transfer protein 2G
キーワードLIPID TRANSPORT / ns-LTP2 / lipid transfer protein
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid transport / cell wall organization / lipid binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Non-specific lipid-transfer protein type 2 / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Chem-PGM / Non-specific lipid-transfer protein 2G
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Hoh, F. / Pons, J.L. / Gautier, M.F. / De Lamotte, F. / Dumas, C.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of a liganded type 2 non-specific lipid-transfer protein from wheat and the molecular basis of lipid binding.
著者: Hoh, F. / Pons, J.L. / Gautier, M.F. / de Lamotte, F. / Dumas, C.
#1: ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2003
タイトル: Refined solution structure of a liganded type 2 wheat nonspecific lipid transfer protein
著者: Pons, J.L. / de Lamotte, F. / Gautier, M.F. / Delsuc, M.A.
履歴
登録2004年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年12月28日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nonspecific lipid-transfer protein 2G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2075
ポリマ－6,9861
非ポリマー1,2214
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.465, 29.320, 41.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Nonspecific lipid-transfer protein 2G / ns-LTP2 / LTP2G / Lipid transfer protein 2 isoform 1 / LTP2-1 / 7 kDa lipid transfer protein 1


分子量: 6985.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: P82900
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-PGM / 1-MYRISTOYL-2-HYDROXY-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL)] / LYSOPHOSPHATIDYLGLYCEROL


分子量: 483.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H44O9P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月16日
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→32.97 Å / Num. all: 22535 / Num. obs: 22535 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.123→1.153 Å / % possible all: 79.71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.12→32.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 0.855 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.162 1097 5.1 %RANDOM
Rwork0.137 ---
all0.138 21350 --
obs0.138 22496 94.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20.37 Å2
2---0.58 Å20 Å2
3---0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→32.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数483 0 44 75 602
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.021551
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9372.017738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.49331181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.336566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg46.85523.63622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.831580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.839154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02100
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3030.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2470.2491
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.2262
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.4010.277
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.660.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3880.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4560.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3131.5339
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3251.5138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.192533
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4423225
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1244.5205
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.123→1.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 55 -
Rwork0.253 1269 -
obs--79.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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