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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tsw | ||||||
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タイトル | THYMIDYLATE SYNTHASE R179A MUTANT | ||||||
要素 | THYMIDYLATE SYNTHASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / NUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lactobacillus casei (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Finer-Moore, J. / Stroud, R.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1996 タイトル: Contribution of a salt bridge to binding affinity and dUMP orientation to catalytic rate: mutation of a substrate-binding arginine in thymidylate synthase. 著者: Finer-Moore, J.S. / Fauman, E.B. / Morse, R.J. / Santi, D.V. / Stroud, R.M. #1: ジャーナル: Faseb J. / 年: 1993 タイトル: Stereochemistry of a Multistep(Slash)Bipartite Methyl Transfer Reaction: Thymidylate Synthase 著者: Stroud, R.M. / Finer-Moore, J.S. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Refined Structures of Substrate-Bound and Phosphate-Bound Thymidylate Synthase from Lactobacillus Casei 著者: Finer-Moore, J.S. / Fauman, E.B. / Foster, P.G. / Perry, K.M. / Santi, D.V. / Stroud, R.M. #3: ジャーナル: Science / 年: 1987 タイトル: Atomic Structure of Thymidylate Synthase: Target for Rational Drug Design 著者: Hardy, L.W. / Finer-Moore, J.S. / Montfort, W.R. / Jones, M.O. / Santi, D.V. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tsw.cif.gz | 77.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tsw.ent.gz | 59.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tsw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1tsw_validation.pdf.gz | 376.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1tsw_full_validation.pdf.gz | 380.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1tsw_validation.xml.gz | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1tsw_validation.cif.gz | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/1tsw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/1tsw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | SYMMETRY THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS PRESENTED BELOW GENERATE THE SUBUNITS OF THE POLYMERIC MOLECULE. THE DIMER IS GENERATED BY A CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD, THE TRANSFORMATION MATRIX MUST BE APPLY TO FRACTIONAL COORDINATES. SYMMETRY1 1 -1.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 1 0.000000 0.000000 -1.000000 -0.50000 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36544.340 Da / 分子数: 1 / 変異: R179A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア) 解説: PURCHASED FROM SIGMA / プラスミド: PKPTSD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CHI-2913 / 参照: UniProt: P00469, thymidylate synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.21 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 55 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991年1月24日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→100 Å / Num. obs: 12977 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.14 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 97328 / Rmerge(I) obs: 0.14 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→7 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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