[日本語] English
万見
- PDB-1trr: TANDEM BINDING IN CRYSTALS OF A TRP REPRESSOR/OPERATOR HALF-SITE ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1trr
タイトルTANDEM BINDING IN CRYSTALS OF A TRP REPRESSOR/OPERATOR HALF-SITE COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*T)-3')
  • PROTEIN (TRP REPRESSOR)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TrpR-like / Trp repressor, bacterial / Trp repressor / TrpR-like superfamily / Trp repressor protein / Trp repressor/replication initiator / Trp Operon Repressor; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRYPTOPHAN / DNA / DNA (> 10) / Trp operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lawson, C.L. / Carey, J.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Tandem binding in crystals of a trp repressor/operator half-site complex.
著者: Lawson, C.L. / Carey, J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Cocrystals of E. Coli Trp Repressor Bound to an Alternative Operator DNA Sequence
著者: Carey, J. / Combatti, N. / Lewis, D.E.A. / Lawson, C.L.
履歴
登録1993年10月21日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*T)-3')
I: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*T)-3')
L: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*T)-3')
A: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
B: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
D: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
E: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
G: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
H: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
J: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
K: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,14620
ポリマ－117,51212
非ポリマー1,6348
水3,459192
1
C: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*T)-3')
I: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*T)-3')
A: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
B: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
G: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
H: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,57310
ポリマ－58,7566
非ポリマー8174
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*T)-3')
L: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*T)-3')
D: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
E: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
J: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
K: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,57310
ポリマ－58,7566
非ポリマー8174
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.340, 90.160, 58.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.734887, 0.517158, -0.438735), (0.519035, 0.012497, -0.854661), (-0.436512, -0.855799, -0.277607)33.3388, -21.164, -5.0767
2given(0.463631, -0.000522, 0.886028), (0.000455, -1, -0.000828), (0.886028, 0.000787, -0.463631)44.2771, -42.6917, 26.8159
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 1* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAINS G, H, AND I WHEN APPLIED TO CHAINS A, B, AND C, RESPECTIVELY. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 2* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAINS D, E, F, J, K, AND L WHEN APPLIED TO CHAINS A, B, C, G, H, AND I, RESPECTIVELY.

-
要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*T)-3')


分子量: 4898.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
PROTEIN (TRP REPRESSOR)


分子量: 12239.919 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: 3110 / 参照: UniProt: P0A881
#3: 化合物
ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / pH: 4.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 Msodium acetate1reservoir
22.0 Msodium formate1reservoir

-
データ収集

検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. all: 30065 / Num. obs: 18723
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / % possible obs: 90.3 % / Rmerge(I) obs: 0.05

-
解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 2.4 Å
詳細: THE MODEL IS MISSING THREE CARBOXYL-TERMINAL RESIDUES FROM EACH REPRESSOR SUBUNIT (106 - 108) AND RESIDUE 1 OF EACH OLIGONUCLEOTIDE (= UNPAIRED 5' THYMIDINE). THEY ARE NOT SEEN IN ELECTRON ...詳細: THE MODEL IS MISSING THREE CARBOXYL-TERMINAL RESIDUES FROM EACH REPRESSOR SUBUNIT (106 - 108) AND RESIDUE 1 OF EACH OLIGONUCLEOTIDE (= UNPAIRED 5' THYMIDINE). THEY ARE NOT SEEN IN ELECTRON DENSITY AND, THEREFORE, ARE PRESUMED TO BE DISORDERED. THE AMINO-TERMINAL ARMS (RESIDUES 2 - 16) OF EACH REPRESSOR SUBUNIT WERE MODELLED INTO FAIRLY POOR BUT NEARLY CONTINUOUS ELECTRON DENSITY. THE ARMS WERE BUILT USING THE MOST CLEARLY DEFINED RESIDUES (PRO 5, TYR 7, AND HIS 16) AS GUIDES. THE LEVEL OF UNCERTAINTY IN SPECIFIC ATOM POSITIONS OF THE ARM IS REFLECTED IN POORER STEREOCHEMISTRY OF RESIDUES 2 - 16 WHEN COMPARED TO THE REST OF THE MODEL.
Rfactor反射数
Rwork0.241 -
obs0.241 18723
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6808 1300 0 192 8300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.86
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Rfactor obs: 0.241
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.86

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る