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- PDB-1tro: CRYSTAL STRUCTURE OF TRP REPRESSOR OPERATOR COMPLEX AT ATOMIC RES... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tro
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TRP REPRESSOR OPERATOR COMPLEX AT ATOMIC RESOLUTION
要素
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*T P*AP*C)-3')
  • PROTEIN (TRP REPRESSOR)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TrpR-like / Trp repressor, bacterial / Trp repressor / TrpR-like superfamily / Trp repressor protein / Trp repressor/replication initiator / Trp Operon Repressor; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRYPTOPHAN / DNA / DNA (> 10) / Trp operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli str. K12 substr. (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Otwinowski, Z. / Schevitz, R.W. / Zhang, R.-G. / Lawson, C.L. / Joachimiak, A. / Marmorstein, R. / Luisi, B.F. / Sigler, P.B.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1988
タイトル: Crystal structure of trp repressor/operator complex at atomic resolution.
著者: Otwinowski, Z. / Schevitz, R.W. / Zhang, R.G. / Lawson, C.L. / Joachimiak, A. / Marmorstein, R.Q. / Luisi, B.F. / Sigler, P.B.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1987
タイトル: Crystal of the Trp Repressor-Operator Complex Suitable for X-Ray Diffraction Analysis
著者: Joachimiak, A. / Marmorstein, R. / Schevitz, R. / Mandecki, W. / Fox, J.L. / Sigler, P.B.
履歴
登録1992年8月30日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32020年5月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_biol / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*T P*AP*C)-3')
J: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*T P*AP*C)-3')
K: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*T P*AP*C)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*T P*AP*C)-3')
A: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
C: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
E: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
G: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,57712
ポリマ－72,7608
非ポリマー8174
水10,305572
1
I: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*T P*AP*C)-3')
J: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*T P*AP*C)-3')
A: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
C: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7886
ポリマ－36,3804
非ポリマー4082
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
K: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*T P*AP*C)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*T P*AP*C)-3')
E: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
G: PROTEIN (TRP REPRESSOR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7886
ポリマ－36,3804
非ポリマー4082
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.650, 72.430, 107.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OF THE STRUCTURE IS NOT EXACT AND THE DEPARTURES FROM THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC FOUR-FOLD SYMMETRY DO NOT SEEM TO BE FUNCTIONALLY SIGNIFICANT. TRP REPRESSOR IS A STABLE DIMERIC PROTEIN. ANY ANALYSIS OF OF THIS STRUCTURE REQUIRES THAT A FULL DIMER BE LOOKED AT ONE TIME. THE COORDINATES CONTAIN TWO DIMERS. THE COMPLEX IS MADE BY FOLLOWING CHAIN NUMBERS. COMPLEX 1: A,B,C,D,I,J; COMPLEX 2: E,F,G,H,K,L.

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*T P*AP*C)-3')


分子量: 5818.796 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
PROTEIN (TRP REPRESSOR)


分子量: 12371.115 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K12 substr. (大腸菌)
生物種: Escherichia coli / 株: W3110 / 参照: UniProt: P0A881
#3: 化合物
ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE REGULATORY COFACTOR TRYPTOPHAN, ONE PER MONOMER IS
配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: TRPR_ECOLI SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE GLN 14 GLU A 14 GLN 14 GLU C 14 GLN 14 GLU E 14

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.51 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3NACL11
4CACL211
5NA CACODYLATE11
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-ID化学式Sol-ID
250 mM1NaClreservoir
311 mM1CaCl2reservoir
135 %2,4-dimethyl pentanediol1reservoir
410 mMcacodylate1reservoir
51

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. all: 26050 / % possible obs: 87.3 % / Rmerge(I) obs: 0.11

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.9→10 Å
詳細: THE CRYSTALLOGRAPHIC TEMPERATURE FACTORS OF THE FIRST TWO PROTEIN AND DNA CHAINS ARE LOWER THAN THE SUBSEQUENT TWO; CONSEQUENTLY THE STRUCTURE OF THE FIRST TWO CHAINS IS MORE ACCURATELY DEFINED.
Rfactor反射数
obs0.167 22726
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3205 1544 52 572 5373
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.249 / Rfactor Rwork: 0.249
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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