PDB-1tr8: Crystal Structure of archaeal Nascent Polypeptide-associated Comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1tr8

タイトル

Crystal Structure of archaeal Nascent Polypeptide-associated Complex (aeNAC)

要素

conserved protein (MTH177)

キーワード

CHAPERONE / Chaperones / Nascent Polypeptide-associated Complex / Ribosome / UBA-domain / Ubiquitin

機能・相同性

機能・相同性情報

nascent polypeptide-associated complex / protein transport / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter marburgensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Spreter, T. / Pech, M. / Beatrix, B.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: The crystal structure of archaeal nascent polypeptide-associated complex (NAC) reveals a unique fold and the presence of a UBA domain
著者: Spreter, T. / Pech, M. / Beatrix, B.

履歴

登録	2004年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1tr8.cif.gz	51.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1tr8.ent.gz	38.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1tr8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/1tr8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/1tr8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4jle-d 2ihr-d 4j4a-d 1x23-d 5zxd-2 6ejz-d 6csn-1 3h0d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: conserved protein (MTH177)

B: conserved protein (MTH177)

23.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: conserved protein (MTH177)

B: conserved protein (MTH177)

A: conserved protein (MTH177)

B: conserved protein (MTH177)

登録者が定義した集合体
47.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.89, 90.89, 49.476
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	GLU	GLU	A	A	27 - 70	12 - 55
2	1	LYS	LYS	GLU	GLU	B	B	27 - 70	12 - 55
1	2	ILE	ILE	ARG	ARG	A	A	79 - 115	64 - 100
2	2	ILE	ILE	ARG	ARG	B	B	79 - 115	64 - 100

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The biological unit is a homodimer. The two monomers in the asymetric unit belong to two different homodimers. Each biological unit is assembled by the crystal symmetry.

#1: タンパク質	conserved protein (MTH177) / delta1-18 Archaeal Nascent Polypeptide Associated Complex 分子量: 11964.399 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal truncated aeNAC (aminoacids 19-117) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter marburgensis (古細菌) 遺伝子: MTH177 (amonoacids 19-117) / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: P0C0K9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9795, 0.9797, 0.9117, 0.99

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月14日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.9797	1
3	0.9117	1
4	0.99	1

反射

解像度: 2.27→20 Å / Num. all: 9416 / Num. obs: 8963 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 56.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.045 / R_sym value: 0.045 / Net I/σ(I): 8.5

反射シェル

解像度: 2.27→2.39 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.168 / Mean I/σ(I) obs: 4 / R_sym value: 0.168 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.9999	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
PHENIX	(HYSS)	位相決定
SHARP		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.27→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 12.873 / SU ML: 0.171 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / ESU R: 0.323 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24043	453	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1937	-	-	-
all	0.196	9416	-	-
obs	0.19587	8963	94.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.007 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.81 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1452	0	0	42	1494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.334	1.988	1946
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.676	3	3288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.696	5	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.856	25.429	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.186	15	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.991	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	224
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1586
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	252
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.2	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	935
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.038	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.373	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.297	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.175	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.489	1.5	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.25	1.5	380
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.593	2	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.903	3	578
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.461	4.5	480

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	260	tight positional	0.08	0.05
2	218	tight positional	0.07	0.05
1	460	medium positional	0.82	0.5
2	317	medium positional	0.71	0.5
1	260	tight thermal	0.19	0.5
2	218	tight thermal	0.21	0.5
1	460	medium thermal	0.71	2
2	317	medium thermal	0.92	2

LS精密化シェル

解像度: 2.272→2.331 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.265	48
R_work	0.217	554

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1835	1.4619	5.3117	3.1405	2.3557	9.3886	-0.0735	0.3274	-0.1666	-0.2861	0.1562	-0.2094	0.1103	0.2483	-0.0827	-0.1399	-0.0283	0.0243	-0.0905	0.0299	-0.1194	84.136	24.064	60.296
2	4.3505	-1.6234	-1.6205	5.3568	1.2215	11.5758	0.0616	0.029	0.1151	-0.1056	-0.111	0.0642	-0.3904	0.0273	0.0493	-0.1233	-0.0431	-0.0254	-0.1377	0.0391	-0.0999	64.379	12.226	61.461
3	25.2038	-13.7691	-13.7525	15.1256	8.1263	15.5461	0.0373	-0.6023	0.8957	0.3579	-0.0604	0.2711	-0.4014	-0.1106	0.0231	0.0949	0.0291	-0.0515	-0.0573	-0.06	0.0997	80.448	36.978	71.489
4	14.8026	16.4506	-9.9056	18.5753	-10.9845	6.6306	1.3861	-0.8187	-1.1612	4.1545	-0.5869	0.9872	0.1682	-0.6868	-0.7992	0.7561	-0.1621	0.0313	0.0985	0.0565	0.4575	58.144	-0.438	71.599
5	1.0653	1.4067	4.4729	7.3353	10.2787	22.2705	-0.2536	0.3938	0.5426	-0.5974	0.0682	-0.0478	-0.3276	0.9363	0.1854	-0.1375	0.0027	-0.0026	-0.0466	0.0334	-0.0133	85.279	24.283	55.093
6	4.8676	2.3252	0.2972	2.7614	-1.3893	10.4217	-0.5644	0.654	-0.0975	-0.1221	0.1898	0.3148	-0.5331	-0.7352	0.3746	-0.0889	-0.042	-0.0016	-0.1154	0.012	-0.0405	64.113	13.112	56.038
7	9.147	-5.0491	-0.0223	11.4523	-2.5604	7.4897	-0.1213	0.1396	0.0668	0.2363	-0.2292	0.3503	0.2088	0.2654	0.3505	-0.2465	-0.0561	-0.0317	-0.0818	0.0079	-0.0883	59.895	16.827	34.871
8	10.1194	-0.0738	3.4305	2.2957	-1.1292	21.4211	-0.1584	-0.3463	0.0801	0.3138	-0.4563	-0.2397	0.8435	0.8374	0.6147	-0.1552	-0.0303	0.0524	-0.0665	0.086	0.0087	90.118	20.753	33.43

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	26 - 53	11 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	26 - 53	11 - 38
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	54 - 61	39 - 46
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	54 - 61	39 - 46
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	62 - 72	47 - 57
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	62 - 72	47 - 57
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	80 - 115	65 - 100
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	80 - 115	65 - 100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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