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- PDB-1tqy: The Actinorhodin Ketosynthase/Chain Length Factor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tqy
タイトルThe Actinorhodin Ketosynthase/Chain Length Factor
要素(Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / alpha-beta-alpha-beta-alpha / heterodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain ...Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase 1 / Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Keatinge-Clay, A.T. / Maltby, D.A. / Medzihradszky, K.F. / Khosla, C. / Stroud, R.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: An antibiotic factory caught in action.
著者: Keatinge-Clay, A.T. / Maltby, D.A. / Medzihradszky, K.F. / Khosla, C. / Stroud, R.M.
履歴
登録2004年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _entity_src_gen.plasmid_name / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase 1
B: Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase 2
C: Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase 1
D: Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase 2
E: Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase 1
F: Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase 2
G: Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase 1
H: Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)355,18120
ポリマ－354,8168
非ポリマー36512
水19,3661075
1
A: Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase 1
B: Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7955
ポリマ－88,7042
非ポリマー913
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6790 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area25120 Å2
手法PISA
2
C: Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase 1
D: Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7955
ポリマ－88,7042
非ポリマー913
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6750 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area25240 Å2
手法PISA
3
E: Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase 1
F: Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7955
ポリマ－88,7042
非ポリマー913
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area25000 Å2
手法PISA
4
G: Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase 1
H: Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7955
ポリマ－88,7042
非ポリマー913
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6760 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area25240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)262.700, 262.700, 224.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細: There are four biological units per asymmetric unit.

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要素

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Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase 1 / actI ORF1


分子量: 45113.305 Da / 分子数: 4 / 断片: Ketosynthase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
生物種: Streptomyces coelicolor / 株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO5087, SCBAC28G1.13 / プラスミド: pSEK38 / 生物種 (発現宿主): Streptomyces coelicolor
発現宿主: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
株 (発現宿主): CH999
参照: UniProt: Q02059, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: タンパク質
Actinorhodin polyketide putative beta-ketoacyl synthase 2 / actI ORF2


分子量: 43590.590 Da / 分子数: 4 / 断片: Chain Length Factor / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO5088, SCBAC28G1.14 / プラスミド: pSEK38
発現宿主: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
株 (発現宿主): CH999
参照: UniProt: Q02062, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

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非ポリマー , 4種, 1087分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1075 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: sodium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月15日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 385318 / Num. obs: 384406 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 38543 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FabF dimer, generated from 1KAS

1kas


解像度: 2→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 87006.11 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 38543 10 %RANDOM
Rwork0.233 ---
all-384406 --
obs-384406 98.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.9486 Å2 / ksol: 0.390245 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4 Å21.26 Å20 Å2
2---1.4 Å20 Å2
3---2.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24440 0 20 1075 25535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 6276 10 %
Rwork0.345 56516 -
obs--96.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ACE.PARACE.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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