[日本語] English
万見
- PDB-1tq8: Crystal Structure of protein Rv1636 from Mycobacterium tuberculos... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tq8
タイトルCrystal Structure of protein Rv1636 from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
要素hypothetical protein Rv1636
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / HypotheticalProtein / RV1636 / MTCY01B2.28 / MT1672 / STRUCTURAL GENOMICS TARGET / T1533 / NYSGXRC / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Universal stress protein A family / UspA / Universal stress protein family / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Universal stress protein MT1672 / Universal stress protein Rv1636
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Rajashankar, K.R. / Kniewel, R. / Solorzano, V. / Lima, C.D. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of hypothetical protein Rv1636 from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
著者: RAJASHANKAR, K.R. / KNIEWEL, R. / SOLORZANO, V. / LIMA, C.D.
履歴
登録2004年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_starting_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein Rv1636
B: hypothetical protein Rv1636
C: hypothetical protein Rv1636
D: hypothetical protein Rv1636
E: hypothetical protein Rv1636
F: hypothetical protein Rv1636


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,3566
ポリマ－103,3566
非ポリマー00
水3,891216
1
A: hypothetical protein Rv1636
B: hypothetical protein Rv1636
C: hypothetical protein Rv1636
D: hypothetical protein Rv1636


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9044
ポリマ－68,9044
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14010 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area21460 Å2
手法PISA
2
E: hypothetical protein Rv1636
F: hypothetical protein Rv1636

E: hypothetical protein Rv1636
F: hypothetical protein Rv1636


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9044
ポリマ－68,9044
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.829, 121.042, 119.751
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
hypothetical protein Rv1636


分子量: 17226.043 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv1636 / プラスミド: PET T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834, DE3 / 参照: UniProt: O06153, UniProt: P9WFC9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.6M NaCl, 0.1M NaAcetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X9A10.98
シンクロトロンNSLS X29A20.98
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2004年4月30日
ADSC QUANTUM 3142CCD2004年6月5日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SAGITALLY FOCUSED Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SAGITALLY FOCUSED Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 79424 / Num. obs: 79424 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.74 % / Biso Wilson estimate: 41.9 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 19.54
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.39 % / Num. unique all: 7444 / Rsym value: 0.423 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→29.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 509799.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residues 56 to 76 of molecules A, B, C, D and F and residues 56 to 77 of molecule E seem to be disordered as they were not located in the experimental electron density map.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 3706 4.9 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.221 75562 94.4 %-
all-75562 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.1307 Å2 / ksol: 0.30719 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.49 Å20 Å20 Å2
2---0.67 Å20 Å2
3----6.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5537 0 0 216 5753
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.392.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 582 5.3 %
Rwork0.33 10462 -
obs--83.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る