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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tox | ||||||
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タイトル | DIPHTHERIA TOXIN DIMER COMPLEXED WITH NAD | ||||||
要素 | DIPHTHERIA TOXIN (DIMERIC) | ||||||
キーワード | TOXIN / ADP-RIBOSYLATION / GLUCOSYLTRANSFERASE / TRANSFERASE / NAD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / Uptake and function of diphtheria toxin / protein transmembrane transporter activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Corynephage beta (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Bell, C.E. / Eisenberg, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Crystal structure of diphtheria toxin bound to nicotinamide adenine dinucleotide. 著者: Bell, C.E. / Eisenberg, D. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994 タイトル: Domain Swapping: Entangling Alliances between Proteins 著者: Bennett, M.J. / Choe, S. / Eisenberg, D. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994 タイトル: Refined Structure of Monomeric Diphtheria Toxin at 2.3 A Resolution 著者: Bennett, M.J. / Eisenberg, D. #3: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994 タイトル: Refined Structure of Dimeric Diphtheria Toxin at 2.0 A Resolution 著者: Bennett, M.J. / Choe, S. / Eisenberg, D. #4: ジャーナル: Nature / 年: 1992 タイトル: The Crystal Structure of Diphtheria Toxin 著者: Choe, S. / Bennett, M.J. / Fujii, G. / Curmi, P.M. / Kantardjieff, K.A. / Collier, R.J. / Eisenberg, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tox.cif.gz | 210.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tox.ent.gz | 169.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tox.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1tox_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1tox_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1tox_validation.xml.gz | 42.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1tox_validation.cif.gz | 58.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/1tox ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/1tox | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.999945, -0.006208, 0.00843), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58411.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: NAD FROM YEAST, CRYSTALLINE FORM, PURCHASED FROM SIGMA (N 1636) 由来: (天然) Corynephage beta (ファージ) / 属: Lambda-like viruses 参照: UniProt: P00588, NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % 解説: DATA COLLECTION USING LIQUID NITROGEN COOLED NITROGEN VAPOR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年4月22日 / 詳細: MIRRORS (MSC) |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→65 Å / Num. obs: 48977 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.077 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 157244 / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.4 Å / % possible obs: 87.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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