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- PDB-1tox: DIPHTHERIA TOXIN DIMER COMPLEXED WITH NAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tox
タイトルDIPHTHERIA TOXIN DIMER COMPLEXED WITH NAD
要素DIPHTHERIA TOXIN (DIMERIC)
キーワードTOXIN / ADP-RIBOSYLATION / GLUCOSYLTRANSFERASE / TRANSFERASE / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / Uptake and function of diphtheria toxin / protein transmembrane transporter activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Diphtheria toxin, translocation domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain superfamily / Diphtheria toxin, R domain / Diphtheria toxin (NAD+-dipthamide ADP-ribosyltransferase) / Diphtheria toxin, catalytic domain / Diphtheria toxin, C domain / Diphtheria toxin, translocation domain superfamily / Diphtheria toxin, T domain ...Diphtheria toxin, translocation domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain superfamily / Diphtheria toxin, R domain / Diphtheria toxin (NAD+-dipthamide ADP-ribosyltransferase) / Diphtheria toxin, catalytic domain / Diphtheria toxin, C domain / Diphtheria toxin, translocation domain superfamily / Diphtheria toxin, T domain / Diphtheria Toxin; domain 1 / Diphtheria Toxin, domain 1 / Globin-like / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Diphtheria toxin
類似検索 - 構成要素
生物種Corynephage beta (ファージ)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bell, C.E. / Eisenberg, D.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of diphtheria toxin bound to nicotinamide adenine dinucleotide.
著者: Bell, C.E. / Eisenberg, D.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Domain Swapping: Entangling Alliances between Proteins
著者: Bennett, M.J. / Choe, S. / Eisenberg, D.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: Refined Structure of Monomeric Diphtheria Toxin at 2.3 A Resolution
著者: Bennett, M.J. / Eisenberg, D.
#3: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: Refined Structure of Dimeric Diphtheria Toxin at 2.0 A Resolution
著者: Bennett, M.J. / Choe, S. / Eisenberg, D.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: The Crystal Structure of Diphtheria Toxin
著者: Choe, S. / Bennett, M.J. / Fujii, G. / Curmi, P.M. / Kantardjieff, K.A. / Collier, R.J. / Eisenberg, D.
履歴
登録1995年10月6日処理サイト: BNL
改定 1.01996年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIPHTHERIA TOXIN (DIMERIC)
B: DIPHTHERIA TOXIN (DIMERIC)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,1504
ポリマ－116,8232
非ポリマー1,3272
水5,441302
1
A: DIPHTHERIA TOXIN (DIMERIC)
ヘテロ分子

A: DIPHTHERIA TOXIN (DIMERIC)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,1504
ポリマ－116,8232
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area9720 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area40270 Å2
手法PISA, PQS
2
B: DIPHTHERIA TOXIN (DIMERIC)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0752
ポリマ－58,4111
非ポリマー6631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: DIPHTHERIA TOXIN (DIMERIC)
ヘテロ分子

B: DIPHTHERIA TOXIN (DIMERIC)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,1504
ポリマ－116,8232
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.000, 89.500, 130.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.999945, -0.006208, 0.00843), (0.00634, 0.999857, -0.015694), (-0.008331, 0.015747, 0.999841)
ベクター: 3.92825, -8.59869, -64.28194)

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要素

#1: タンパク質 DIPHTHERIA TOXIN (DIMERIC) / DT


分子量: 58411.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: NAD FROM YEAST, CRYSTALLINE FORM, PURCHASED FROM SIGMA (N 1636)
由来: (天然) Corynephage beta (ファージ) / 属: Lambda-like viruses
参照: UniProt: P00588, NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
解説: DATA COLLECTION USING LIQUID NITROGEN COOLED NITROGEN VAPOR
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mldimeric DT1drop
210 mMTris-HCl1drop
30.2 mMEDTA1drop
411.2 %PEG80001drop
50.4 M1dropNaCl
60.43 MTris-HCl1reservoir
712.0 %PEG80001reservoir
80.43 M1reservoirNaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年4月22日 / 詳細: MIRRORS (MSC)
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→65 Å / Num. obs: 48977 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.077
反射
*PLUS
Num. measured all: 157244 / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.4 Å / % possible obs: 87.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
R-AXISデータ収集
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
R-AXISデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 -10 %
Rwork0.227 --
obs0.227 48300 92.6 %
原子変位パラメータBiso mean: 28.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7905 0 88 302 8295
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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