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万見
- PDB-1tno: Rat Protein Geranylgeranyltransferase Type-I Complexed with a GGP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tno
タイトルRat Protein Geranylgeranyltransferase Type-I Complexed with a GGPP analog and a KKKSKTKCVIM Peptide Derived from K-Ras4B
要素
  • Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
  • c-K-ras2 protein isoform b
  • geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
キーワードTRANSFERASE / GGTase-I / geranylgeranyltransferase type-I / geranylgeranyl transferase / prenyltransferase / CaaX / Ras / K-Ras / Lipid modification / prenylation / substrate selectivity
機能・相同性
機能・相同性情報


Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / peptide pheromone maturation / protein farnesylation / protein geranylgeranyltransferase type I / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesyltransferase ...Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / peptide pheromone maturation / protein farnesylation / protein geranylgeranyltransferase type I / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / regulation of microtubule-based movement / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / acetyltransferase activator activity / heterocyclic compound binding / microtubule associated complex / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of Rac protein signal transduction / alpha-tubulin binding / positive regulation of cell cycle / receptor tyrosine kinase binding / microtubule binding / molecular adaptor activity / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta / Protein prenylyltransferase / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid ...Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta / Protein prenylyltransferase / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MGM / Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta / Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Reid, T.S. / Terry, K.L. / Casey, P.J. / Beese, L.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystallographic analysis of CaaX prenyltransferases complexed with substrates defines rules of protein substrate selectivity.
著者: Reid, T.S. / Terry, K.L. / Casey, P.J. / Beese, L.S.
履歴
登録2004年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
B: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
C: geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
D: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
E: geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
F: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
G: geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
H: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
I: geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
J: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
K: geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
L: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
M: c-K-ras2 protein isoform b
N: c-K-ras2 protein isoform b
O: c-K-ras2 protein isoform b
P: c-K-ras2 protein isoform b
Q: c-K-ras2 protein isoform b
R: c-K-ras2 protein isoform b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)530,82436
ポリマ－527,17818
非ポリマー3,64518
水12,214678
1
A: geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
B: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
M: c-K-ras2 protein isoform b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5776
ポリマ－87,8633
非ポリマー7143
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8580 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area25880 Å2
手法PISA
2
C: geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
D: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
N: c-K-ras2 protein isoform b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4176
ポリマ－87,8633
非ポリマー5543
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8490 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area26110 Å2
手法PISA
3
E: geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
F: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
O: c-K-ras2 protein isoform b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6137
ポリマ－87,8633
非ポリマー7504
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8740 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area26110 Å2
手法PISA
4
G: geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
H: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
P: c-K-ras2 protein isoform b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4176
ポリマ－87,8633
非ポリマー5543
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8490 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area25990 Å2
手法PISA
5
I: geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
J: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
Q: c-K-ras2 protein isoform b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3825
ポリマ－87,8633
非ポリマー5192
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8360 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area26170 Å2
手法PISA
6
K: geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
L: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
R: c-K-ras2 protein isoform b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4176
ポリマ－87,8633
非ポリマー5543
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8540 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area26520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)272.531, 268.484, 185.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
geranylgeranyltransferase type I alpha subunit / Type I protein geranyl-geranyltransferase alpha subunit / GGTase-I-alpha


分子量: 44098.145 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: FNTA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q04631, protein geranylgeranyltransferase type I
#2: タンパク質
Geranylgeranyl transferase type I beta subunit / Type I protein geranyl-geranyltransferase beta subunit / GGTase-I-beta


分子量: 42466.176 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: PGGT1B
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P53610, protein geranylgeranyltransferase type I

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 6分子 MNOPQR

#3: タンパク質・ペプチド
c-K-ras2 protein isoform b


分子量: 1298.723 Da / 分子数: 6 / Fragment: c-terminus / 由来タイプ: 合成
詳細: THE SUBSTRATE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. The sequence of this peptide naturally exists in Homo sapiens (Human).

-
非ポリマー , 5種, 696分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-MGM / 2-[METHYL-(5-GERANYL-4-METHYL-PENT-3-ENYL)-AMINO]-ETHYL-DIPHOSPHATE / 3-AZAGERANYLGERANYL DIPHOSPHATE


分子量: 453.447 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H37NO7P2
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 1.3 M ammonium sulfate, 175 mM NaCitrate pH 6.5, 100 mM MES pH 6.3, 20 mM DTT, 1uM ZnCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.07172 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月7日
詳細: Elliptically bent mirror/sagittal focusing second monochromator crystal
放射モノクロメーター: Si (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07172 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 272486 / Num. obs: 251777 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): -0.5 / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 60.7 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.193 / % possible all: 79.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N4Q

1n4q


解像度: 2.7→29.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 341774.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -0.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 12637 5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
all0.194 272961 --
obs0.194 251777 92.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.6173 Å2 / ksol: 0.364197 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 64.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.55 Å20 Å2-6.22 Å2
2--13.95 Å20 Å2
3----5.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32406 0 208 678 33292
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.292
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.332.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 1087 5.1 %
Rwork0.313 20435 -
obs--79.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMAGP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4AGP.PARION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5MES.PARMES.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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