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万見
- PDB-1qbq: STRUCTURE OF RAT FARNESYL PROTEIN TRANSFERASE COMPLEXED WITH A CV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qbq
タイトルSTRUCTURE OF RAT FARNESYL PROTEIN TRANSFERASE COMPLEXED WITH A CVIM PEPTIDE AND ALPHA-HYDROXYFARNESYLPHOSPHONIC ACID.
要素
  • ACETYL-CYS-VAL-ILE-SELENOMET-COOH PEPTIDE
  • FPT ALPHA-SUBUNIT
  • FPT BETA-SUBUNIT
キーワードTRANSFERASE / ALPHA-ALPHA-BARREL HELICAL CRESCENT
機能・相同性
機能・相同性情報


Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / peptide pheromone maturation / protein farnesylation / protein geranylgeranyltransferase type I / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesyltransferase ...Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / peptide pheromone maturation / protein farnesylation / protein geranylgeranyltransferase type I / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / Rab geranylgeranyltransferase activity / regulation of fibroblast proliferation / protein geranylgeranylation / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / geranylgeranyl diphosphate synthase activity / microtubule associated complex / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of Rac protein signal transduction / alpha-tubulin binding / positive regulation of cell cycle / wound healing / : / receptor tyrosine kinase binding / lipid metabolic process / positive regulation of fibroblast proliferation / microtubule binding / fibroblast proliferation / molecular adaptor activity / cell population proliferation / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein farnesyltransferase subunit beta / Protein prenylyltransferase / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid ...Protein farnesyltransferase subunit beta / Protein prenylyltransferase / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ALPHA-HYDROXYFARNESYLPHOSPHONIC ACID / Protein farnesyltransferase subunit beta / Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Strickland, C.L. / Windsor, W.T. / Syto, R. / Wang, L. / Bond, R. / Wu, Z. / Schwartz, J. / Le, H.V. / Beese, L.S. / Weber, P.C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of farnesyl protein transferase complexed with a CaaX peptide and farnesyl diphosphate analogue
著者: Strickland, C.L. / Windsor, W.T. / Syto, R. / Wang, L. / Bond, R. / Wu, Z. / Schwartz, J. / Le, H.V. / Beese, L.S. / Weber, P.C.
#1: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1999
タイトル: Engineering of protein farnesyl transferase for co-crystallization. Expression, purification and kinetic characterization of Beta-subunit C-terminal mutants.
著者: Wu, Z. / Demma, M. / Strickland, C.L. / Syto, R. / Le, H.V. / Weber, P.C. / Windsor, W.T.
履歴
登録1999年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.details / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FPT ALPHA-SUBUNIT
B: FPT BETA-SUBUNIT
P: ACETYL-CYS-VAL-ILE-SELENOMET-COOH PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4536
ポリマ－89,0203
非ポリマー4333
水5,116284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8910 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area27160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.132, 174.132, 69.705
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 FPT ALPHA-SUBUNIT


分子量: 39760.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ALPHA AND BETA SUBUNITS FORM THE BIOLOGICAL UNIT / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
参照: UniProt: Q04631, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: タンパク質 FPT BETA-SUBUNIT


分子量: 48722.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
参照: UniProt: Q02293, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド ACETYL-CYS-VAL-ILE-SELENOMET-COOH PEPTIDE


分子量: 537.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Purchased from AnaSpec Inc.

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非ポリマー , 4種, 287分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / 詳細: Purchased from Calbiochem.
#6: 化合物 ChemComp-HFP / ALPHA-HYDROXYFARNESYLPHOSPHONIC ACID


分子量: 308.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H33O4P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.09 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 7% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7.7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMTris1drop
21 mMdithiothreitol1drop
320 mM1dropKCl
40.010 mM1dropZnCl2
525 mg/mlprotain1drop
67 %PEG40001reservoir
70.1 Msodium acetate1reservoir
8200 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→15 Å / Num. all: 47488 / Num. obs: 42739 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 44.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Num. unique all: 47488 / % possible all: 57
反射
*PLUS
% possible obs: 90 % / Num. measured all: 144714
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 57 % / Mean I/σ(I) obs: 3

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解析

ソフトウェア
名称分類
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.4→15 Å / σ(F): 0.5 / σ(I): 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 1999 5 %
Rwork0.218 --
all-47488 -
obs-40344 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5846 0 24 284 6154
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0.5 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.218
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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