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- PDB-1tnf: THE STRUCTURE OF TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA AT 2.6 ANGSTROMS RES... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tnf
タイトルTHE STRUCTURE OF TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA AT 2.6 ANGSTROMS RESOLUTION. IMPLICATIONS FOR RECEPTOR BINDING
要素TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA
キーワードLYMPHOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / positive regulation of fractalkine production / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine ...negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / positive regulation of fractalkine production / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / positive regulation of protein transport / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of translational initiation by iron / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / response to macrophage colony-stimulating factor / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of hair follicle development / negative regulation of myelination / response to gold nanoparticle / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of amyloid-beta clearance / positive regulation of interleukin-18 production / inflammatory response to wounding / death receptor agonist activity / positive regulation of action potential / TNF signaling / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of D-glucose import / leukocyte migration involved in inflammatory response / vascular endothelial growth factor production / embryonic digestive tract development / positive regulation of fever generation / response to fructose / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of synoviocyte proliferation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / necroptotic signaling pathway / positive regulation of mononuclear cell migration / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of protein-containing complex disassembly / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative phosphorylation / cellular response to toxic substance / positive regulation of protein localization to cell surface / macrophage activation involved in immune response / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / regulation of immunoglobulin production / TNFR1-mediated ceramide production / negative regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / regulation of fat cell differentiation / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to L-glutamate / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / TNFR1-induced proapoptotic signaling / regulation of metabolic process / negative regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of heart rate / positive regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of viral genome replication / response to isolation stress / negative regulation of fat cell differentiation / regulation of synapse organization / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of JUN kinase activity / Interleukin-10 signaling / positive regulation of MAP kinase activity / negative regulation of interleukin-6 production / humoral immune response / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of glial cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of lipid storage / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / skeletal muscle contraction / negative regulation of osteoblast differentiation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily ...Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Eck, M.J. / Sprang, S.R.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: The structure of tumor necrosis factor-alpha at 2.6 A resolution. Implications for receptor binding.
著者: Eck, M.J. / Sprang, S.R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Crystallization of Trimeric Recombinant Human Tumor Necrosis Factor (Cachectin)
著者: Eck, M.J. / Beutler, B. / Kuo, G. / Merryweather, J.P. / Sprang, S.R.
履歴
登録1989年8月25日処理サイト: BNL
改定 1.01990年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA
B: TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA
C: TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1063
ポリマ－52,1063
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7040 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area18400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.000, 95.000, 117.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Atom site foot note1: SEE REMARK 4. / 2: SEE REMARK 5.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.04046, -0.10575, 0.99357), (-0.98065, 0.18643, 0.05978), (-0.19155, -0.97676, -0.09616)-16.17, 57.43, 96.33
2given(-0.02896, -0.99271, -0.11699), (-0.20202, 0.12044, -0.97195), (0.97895, -0.00451, -0.20404)74.4, 87.33, 28.89
3given(-0.01202, -0.16346, 0.98646), (-0.98656, 0.16273, 0.01494), (-0.16297, -0.97304, -0.16322)-11.46, 60.62, 97.89
詳細THE MOLECULE EXISTS AS A TRIMER IN WHICH THE THREE SUBUNITS ARE RELATED BY APPROXIMATE THREE-FOLD SYMMETRY. THE THREE SUBUNITS HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATORS A, B, AND C. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 1* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN B WHEN APPLIED TO CHAIN A. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 2* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN C WHEN APPLIED TO CHAIN A. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 3* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN C WHEN APPLIED TO CHAIN B.

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要素

#1: タンパク質 TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA


分子量: 17368.729 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01375
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.41 %
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 5.5 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
濃度: 2.6 M / 一般名: magnesium sulfate

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 17097 / % possible obs: 72.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 126662 / Rmerge(I) obs: 0.065

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化Rfactor Rwork: 0.23 / 最高解像度: 2.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3552 0 0 0 3552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg4.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d4.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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