PDB-1tlz: Tsx structure complexed with uridine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1tlz

タイトル

Tsx structure complexed with uridine

要素

Nucleoside-specific channel-forming protein tsx

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / nucleoside transporter / BETA BARREL / uridine

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside-specific channel forming porin activity / nucleoside transport / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane / symbiont entry into host cell
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Ye, J. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the bacterial nucleoside transporter Tsx.
著者: Ye, J. / Van Den Berg, B.

履歴

登録	2004年6月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1tlz.cif.gz	113.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1tlz.ent.gz	89.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1tlz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/1tlz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/1tlz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tlwC 1tlyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1tlw-1 1tly-2 1tly-1 1tlw-2 6jn0-1 5fh9-1 6jn7-1 6jn7-2 3r7s-1 1pxl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside-specific channel-forming protein tsx

B: Nucleoside-specific channel-forming protein tsx

ヘテロ分子

65 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoside-specific channel-forming protein tsx

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nucleoside-specific channel-forming protein tsx

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.861, 149.861, 120.849
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Nucleoside-specific channel-forming protein tsx 分子量: 32269.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: TSX, NUPA, B0411, Z0512, ECS0464, SF0348, S0356 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P0A927
#2: 化合物	ChemComp-URI / URIDINE / ウリジン分子量: 244.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂N₂O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 82 %
結晶化	温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.3 詳細: PEG550 27-32%, sodium acetate 50 mM, glycerol 10%, uridine 100 mM, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 25887 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Limit h max: 43 / Limit h min: 0 / Limit k max: 43 / Limit k min: 0 / Limit l max: 40 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 217802.41 / Observed criterion F min: 0.32
反射シェル	最高解像度: 3.1 Å / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.1→29.77 Å / R_factor R_free error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.299	2085	7.5 %	RANDOM
R_work	0.276	-	-	-
all	0.276	28778	-	-
obs	0.299	25887	97.2 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / B_sol: 87.4442 Å² / k_sol: 0.587193 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 167.08 Å² / B_iso mean: 61.93 Å² / B_iso min: 14.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.5 Å²	3.75 Å²	0 Å²
2-	-	-5.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	11 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.48 Å	0.49 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.35 Å	0.38 Å
Luzzati d res high	-	3.1

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4126	0	34	16	4176

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	26.9
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.72

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	% reflection R_free (%)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor R_free error	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
3.1-3.24	0.34	245	7.5	0.356	3033	0.022	3548	3278	92.4
3.24-3.41	0.332	284	8.4	0.313	3091	0.02	3561	3375	94.8
3.41-3.62	0.295	253	7.3	0.297	3206	0.019	3566	3459	97
3.62-3.9	0.31	235	6.8	0.313	3241	0.02	3555	3476	97.8
3.9-4.3	0.305	265	7.5	0.314	3272	0.019	3585	3537	98.7
4.3-4.92	0.274	270	7.6	0.289	3300	0.017	3611	3570	98.9
4.92-6.18	0.319	256	7.1	0.302	3334	0.02	3632	3590	98.8
6.18-29.77	0.405	277	7.5	0.4	3410	0.024	3739	3687	98.6

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	ion.param	ion.top
X-RAY DIFFRACTION	5		URI.top

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関連情報:EMDBヘッダ

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