ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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CNS | 1.1 | 精密化 | | DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | SOLVE | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.01→29.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.288 | 4307 | 7.4 % | RANDOM |
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Rwork | 0.262 | - | - | - |
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all | 0.262 | 60097 | - | - |
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obs | 0.288 | 58328 | 97.1 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 50.9609 Å2 / ksol: 0.359054 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 172.53 Å2 / Biso mean: 67.38 Å2 / Biso min: 20.38 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -7.37 Å2 | 2.03 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -7.37 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 14.73 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.43 Å | 0.39 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.38 Å | 0.35 Å |
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Luzzati d res high | - | 3.01 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.01→29.76 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4126 | 0 | 0 | 0 | 4126 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d0.008 | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg1.5 | X-RAY DIFFRACTION | x_torsion_deg26.9 | X-RAY DIFFRACTION | x_torsion_impr_deg0.72 | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | % reflection Rfree (%) | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Rfactor Rfree error | Num. reflection all | Num. reflection obs | % reflection obs (%) |
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3.01-3.15 | 0.36 | 478 | 7.1 | 0.344 | 6299 | 0.016 | 7501 | 6777 | 90.3 | 3.15-3.31 | 0.339 | 559 | 7.9 | 0.297 | 6536 | 0.014 | 7540 | 7095 | 94.1 | 3.31-3.52 | 0.285 | 485 | 6.6 | 0.245 | 6832 | 0.013 | 7500 | 7317 | 97.6 | 3.52-3.79 | 0.26 | 576 | 7.8 | 0.241 | 6831 | 0.011 | 7521 | 7407 | 98.5 | 3.79-4.17 | 0.279 | 590 | 7.9 | 0.255 | 6867 | 0.011 | 7547 | 7457 | 98.8 | 4.17-4.77 | 0.253 | 552 | 7.4 | 0.235 | 6892 | 0.011 | 7489 | 7444 | 99.4 | 4.77-6.01 | 0.277 | 535 | 7.1 | 0.259 | 6962 | 0.012 | 7536 | 7497 | 99.5 | 6.01-29.76 | 0.325 | 532 | 7.3 | 0.3 | 6802 | 0.014 | 7508 | 7334 | 97.7 |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | water_rep.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION | 3 | ion.paramion.top | | | | | |
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