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万見
- PDB-1tle: LE (LAMININ-TYPE EGF-LIKE) MODULE GIII4 IN SOLUTION AT PH 3.5 AND... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tle
タイトルLE (LAMININ-TYPE EGF-LIKE) MODULE GIII4 IN SOLUTION AT PH 3.5 AND 290 K, NMR, 14 STRUCTURES
要素LAMININ
キーワードGLYCOPROTEIN / EXTRACELLULAR MATRIX PROTEIN / NIDOGEN BINDING / LE-MODULE
機能・相同性
機能・相同性情報


laminin-1 complex / laminin-10 complex / tissue morphogenesis / hair follicle cell proliferation / regulation of basement membrane organization / hemidesmosome assembly / glycosphingolipid binding / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / tissue development / hair cell differentiation ...laminin-1 complex / laminin-10 complex / tissue morphogenesis / hair follicle cell proliferation / regulation of basement membrane organization / hemidesmosome assembly / glycosphingolipid binding / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / tissue development / hair cell differentiation / protein complex involved in cell-matrix adhesion / extracellular matrix structural constituent / hair follicle morphogenesis / positive regulation of muscle cell differentiation / basement membrane / extracellular matrix disassembly / synaptic cleft / positive regulation of cell adhesion / axon guidance / animal organ morphogenesis / neuromuscular junction / neuron projection development / cell migration / chromatin organization / gene expression / protein-containing complex assembly / collagen-containing extracellular matrix / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Laminin IV / Laminin B (Domain IV) / Laminin IV type A domain profile. / Laminin B domain / Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. ...Laminin IV / Laminin B (Domain IV) / Laminin IV type A domain profile. / Laminin B domain / Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain / Laminin / Laminin / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Laminin subunit gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR
データ登録者Baumgartner, R. / Czisch, M. / Mayer, U. / Schl, E.P. / Huber, R. / Timpl, R. / Holak, T.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Structure of the nidogen binding LE module of the laminin gamma1 chain in solution.
著者: Baumgartner, R. / Czisch, M. / Mayer, U. / Poschl, E. / Huber, R. / Timpl, R. / Holak, T.A.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994
タイトル: Two Non-Contiguous Regions Contribute to Nidogen Binding to a Single Egf-Like Motif of the Laminin Gamma 1 Chain
著者: Poschl, E. / Fox, J.W. / Block, D. / Mayer, U. / Timpl, R.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993
タイトル: A Single Egf-Like Motif of Laminin is Responsible for High Affinity Nidogen Binding
著者: Mayer, U. / Nischt, R. / Poschl, E. / Mann, K. / Fukuda, K. / Gerl, M. / Yamada, Y. / Timpl, R.
履歴
登録1996年1月26日処理サイト: BNL
改定 1.01997年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LAMININ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3521
ポリマ－6,3521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)14 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 LAMININ / LAMININ-TYPE EGF-LIKE


分子量: 6352.206 Da / 分子数: 1
断片: NIDOGEN BINDING LE MODULE OF THE LAMININ GAMMA1 CHAIN, MODULE GIII4
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: BASEMENT MEMBRANE / 遺伝子: LAMC1 / プラスミド: PCEP4 / 遺伝子 (発現宿主): LAMC1 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P02468
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

試料状態pH: 3.5 / 温度: 290 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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