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- PDB-1tkq: SOLUTION STRUCTURE OF A LINKED UNSYMMETRIC GRAMICIDIN IN A MEMBRA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tkq
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF A LINKED UNSYMMETRIC GRAMICIDIN IN A MEMBRANE-ISOELECTRICAL SOLVENTS MIXTURE IN THE PRESENCE OF CsCl
要素
  • GRAMICIDIN A
  • MINI-GRAMICIDIN A
キーワードANTIBIOTIC / GRAMICIDIN / ANTIFUNGAL / ANTIBACTERIAL / MEMBRANE ION CHANNEL / LINEAR GRAMICIDIN
機能・相同性MINI-GRAMICIDIN A - GRAMICIDIN A DIMER / SUCCINIC ACID / :
機能・相同性情報
生物種BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsMINIMIZED AVERAGE
データ登録者Xie, X. / Al-Momani, L. / Bockelmann, D. / Griesinger, C. / Koert, U.
引用
ジャーナル: FEBS J. / 年: 2005
タイトル: An Asymmetric Ion Channel Derived from Gramicidin A. Synthesis, Function and NMR Structure.
著者: Xie, X. / Al-Momani, L. / Reiss, P. / Griesinger, C. / Koert, U.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: High-Resolution Conformation of Gramicidin a in a Lipid Bilayer by Solid-State NMR
著者: Ketchem, R.R. / Hu, W. / Cross, T.A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Solution Structure of a Parallel Left-Handed Double-Helical Gramicidin-A Determined by 2D 1H NMR
著者: Chen, Y. / Tucker, A. / Wallace, B.A.
#3: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2002
タイトル: Cation Control in Functional Helical Programming: Structures of a D,L-Peptide Ion Channel
著者: Arndt, H.-D. / Bockelmann, D. / Knoll, A. / Lamberth, S. / Griesinger, C. / Koert, U.
履歴
登録2004年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 2.02019年9月25日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / diffrn ...atom_site / diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
改定 2.12025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MINI-GRAMICIDIN A
B: GRAMICIDIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4003
ポリマ－3,2822
非ポリマー1181
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area760 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area2810 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 50MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE OF 11 STRUCTURES WITH THE LOWEST TARGET FUNCTION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド MINI-GRAMICIDIN A


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1470.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE N-TERMINI OF THE TWO PEPTIDES, EACH A TRUNCATED GRAMICIDIN A, WERE LINKED BY A SUCCINIC ACID IN A HEAD-TO-HEAD MANNER.
由来: (合成) BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア)
参照: NOR: NOR00243, MINI-GRAMICIDIN A - GRAMICIDIN A DIMER
#2: タンパク質・ペプチド GRAMICIDIN A / VALYL GRAMICIDIN


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1811.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE N-TERMINI OF THE TWO PEPTIDES, EACH A TRUNCATED GRAMICIDIN A, WERE LINKED BY A SUCCINIC ACID IN A HEAD-TO-HEAD MANNER.
由来: (合成) BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア)
参照: NOR: NOR00243, MINI-GRAMICIDIN A - GRAMICIDIN A DIMER
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
詳細: THE N-TERMINI OF THE TWO PEPTIDES, EACH A TRUNCATED GRAMICIDIN A, WERE LINKED BY A SUCCINIC ACID IN A HEAD-TO-HEAD MANNER.
参照: MINI-GRAMICIDIN A - GRAMICIDIN A DIMER
構成要素の詳細GRAMICIDIN IS A HETEROGENEOUS MIXTURE OF SEVERAL COMPOUNDS INCLUDING GRAMICIDIN A, B AND C WHICH ...GRAMICIDIN IS A HETEROGENEOUS MIXTURE OF SEVERAL COMPOUNDS INCLUDING GRAMICIDIN A, B AND C WHICH ARE OBTAINED FROM BACILLUS BREVIS AND CALLED COLLECTIVELY GRAMICIDIN D HERE, MODIFIDED GRAMICIDIN A IS REPRESENTED BY TWO SEQUENCES (SEQRES AND ONE HET (SIN)
Has protein modificationN
配列の詳細BOTH OF THE C-TERMINI HAVE ETHANOLAMINE ATTACHED WITH THE CAPPING GROUP T-BUTYLDIPHENYLSILYL, WHICH ...BOTH OF THE C-TERMINI HAVE ETHANOLAMINE ATTACHED WITH THE CAPPING GROUP T-BUTYLDIPHENYLSILYL, WHICH WAS APPLIED TO ENHANCE THE SOLUBILITY AND STABILITY OF THE STRUCTURE IN ORGANIC SOLVENTS. OWING TO AMBIGUITY IN RESONANCE ASSIGNMENT OF THE TERMINI AND THEREFORE A LACK OF ENOUGH NOE CONSTRAINTS, THE T-BUTYLDIPHENYLSILYL TERMINI WERE OMITTED IN THE STRUCTURE CALCULATION.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
1212D NOESY
NMR実験の詳細Text: VARIABLE TEMPERATURE EXPERIMENTS WERE PERFORMED TO HAVE THE TEMPERATURE DEPENDENCE OF NH CHEMICAL SHIFTS, THEREFORE PROVIDE EVIDENCE FOR HYDROGEN BONDING.

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試料調製

詳細内容: 3MM SATURATED WITH CSCL
試料状態温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
SYBYL/DYANA 6.8GUENTERT精密化
SYBYL/DYANA 6.8構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON 160 NOE- DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 39 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS, AND 40 DISTANCE RESTRAINTS FROM HYDROGEN BONDS
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE OF 11 STRUCTURES WITH THE LOWEST TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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