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- PDB-1tk6: Iron-oxo clusters biomineralizing on protein surfaces. Structural... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tk6
タイトルIron-oxo clusters biomineralizing on protein surfaces. Structural analysis of H.salinarum DpsA in its low and high iron states
要素Iron-rich dpsA-homolog protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / DpsA / ferritin / low-iron
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA protection during starvation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zeth, K. / Offermann, S. / Essen, L.O. / Oesterhelt, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Iron-oxo clusters biomineralizing on protein surfaces: structural analysis of Halobacterium salinarum DpsA in its low- and high-iron states.
著者: Zeth, K. / Offermann, S. / Essen, L.O. / Oesterhelt, D.
履歴
登録2004年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-rich dpsA-homolog protein
B: Iron-rich dpsA-homolog protein
C: Iron-rich dpsA-homolog protein
D: Iron-rich dpsA-homolog protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,15818
ポリマ－80,4874
非ポリマー67014
水4,864270
1
A: Iron-rich dpsA-homolog protein
B: Iron-rich dpsA-homolog protein
C: Iron-rich dpsA-homolog protein
D: Iron-rich dpsA-homolog protein
ヘテロ分子

A: Iron-rich dpsA-homolog protein
B: Iron-rich dpsA-homolog protein
C: Iron-rich dpsA-homolog protein
D: Iron-rich dpsA-homolog protein
ヘテロ分子

A: Iron-rich dpsA-homolog protein
B: Iron-rich dpsA-homolog protein
C: Iron-rich dpsA-homolog protein
D: Iron-rich dpsA-homolog protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,47354
ポリマ－241,46212
非ポリマー2,01142
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area68620 Å2
ΔGint-604 kcal/mol
Surface area60290 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.110, 91.110, 150.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1305-

FE

21C-1312-

NA

31B-1368-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 7 - 181 / Label seq-ID: 7 - 181

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
詳細The protein is dodecameric with a tetramer in the AU. The dodecamer can be constucted by simple crystallographic operations.

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Iron-rich dpsA-homolog protein / Bacterioferritin dpsA


分子量: 20121.846 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Halobacterium salinarum (好塩性) / 株: TOM / 参照: UniProt: Q9HMP7

-
非ポリマー , 5種, 284分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG400, 1M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.731 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→158.11 Å / Num. obs: 36571 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 37.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
ProDCデータ収集
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1TJO

1tjo


解像度: 2.2→158.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 5.256 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23543 2629 7.1 %RANDOM
Rwork0.1721 ---
obs0.17651 34298 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å2-0.18 Å20 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3---0.54 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→158.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5459 0 22 270 5751
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0330.0215538
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.024780
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2541.9397522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.229311080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8155701
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.170.2848
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.020.026438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.030.021047
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2510.21999
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2680.26247
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1430.24405
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0860.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3440.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3360.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2390.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.171.53493
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.36425532
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.02832045
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.1484.51990
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1037tight positional0.070.05
2B1037tight positional0.070.05
3C1037tight positional0.070.05
4D1037tight positional0.070.05
1A1487medium positional0.310.5
2B1487medium positional0.30.5
3C1487medium positional0.30.5
4D1487medium positional0.30.5
1A1037tight thermal0.370.5
2B1037tight thermal0.350.5
3C1037tight thermal0.360.5
4D1037tight thermal0.350.5
1A1487medium thermal1.332
2B1487medium thermal1.32
3C1487medium thermal1.272
4D1487medium thermal1.252
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.267 178
Rwork0.196 2484

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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