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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tgh | ||||||
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タイトル | TATA BINDING PROTEIN (TBP)/DNA COMPLEX | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION FACTOR / DNA BINDING PROTEIN / DNA / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / male pronucleus ...RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / male pronucleus / female pronucleus / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / RNA Polymerase I Transcription Termination / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase I Transcription Initiation / aryl hydrocarbon receptor binding / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / transcription factor TFIID complex / TFIIB-class transcription factor binding / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / male germ cell nucleus / DNA-templated transcription initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / euchromatin / mRNA transcription by RNA polymerase II / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / spermatogenesis / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / enzyme binding / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Juo, Z.S. / Dickerson, R.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: How proteins recognize the TATA box. 著者: Juo, Z.S. / Chiu, T.K. / Leiberman, P.M. / Baikalov, I. / Berk, A.J. / Dickerson, R.E. #1: ![]() タイトル: 1.9 A Resolution Refined Structure of TBP Recognizing the Minor Groove of TATAAAAG 著者: Kim, J.L. / Burley, S.K. #2: ![]() タイトル: Co-Crystal Structure of TBP Recognizing the Minor Groove of a TATA Element 著者: Kim, J.L. / Nikolov, D.B. / Burley, S.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3661.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: タンパク質 | | 分子量: 20801.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 92 K |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.055 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 9013 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.9→8 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.2145 / Rfactor Rfree: 0.2946 / Rfactor Rwork: 0.2145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 29.141 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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