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- PDB-1tfg: AN UNUSUAL FEATURE REVEALED BY THE CRYSTAL STRUCTURE AT 2.2 ANGST... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tfg
タイトルAN UNUSUAL FEATURE REVEALED BY THE CRYSTAL STRUCTURE AT 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION OF HUMAN TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA2
要素TRANSFORMING GROWTH FACTOR, BETA 2
キーワードGROWTH FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of timing of catagen / regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / substantia propria of cornea development / ascending aorta morphogenesis / positive regulation of activation-induced cell death of T cells / cardioblast differentiation / uterine wall breakdown / positive regulation of timing of catagen / positive regulation of cardioblast differentiation ...regulation of timing of catagen / regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / substantia propria of cornea development / ascending aorta morphogenesis / positive regulation of activation-induced cell death of T cells / cardioblast differentiation / uterine wall breakdown / positive regulation of timing of catagen / positive regulation of cardioblast differentiation / cardiac right ventricle morphogenesis / regulation of transforming growth factor beta2 production / atrial septum morphogenesis / pharyngeal arch artery morphogenesis / positive regulation of heart contraction / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / activation-induced cell death of T cells / glial cell migration / positive regulation of extracellular matrix disassembly / negative regulation of macrophage cytokine production / secondary palate development / somatic stem cell division / positive regulation of integrin biosynthetic process / atrial septum primum morphogenesis / endocardial cushion fusion / heart valve morphogenesis / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / membranous septum morphogenesis / negative regulation of cartilage development / cardiac epithelial to mesenchymal transition / signaling / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / neuron fate commitment / pericyte cell differentiation / embryonic digestive tract development / transforming growth factor beta receptor binding / eye development / neural retina development / pulmonary valve morphogenesis / type II transforming growth factor beta receptor binding / cranial skeletal system development / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / negative regulation of Ras protein signal transduction / embryo development ending in birth or egg hatching / outflow tract septum morphogenesis / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cell-cell junction organization / collagen fibril organization / embryonic limb morphogenesis / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / atrioventricular valve morphogenesis / face morphogenesis / odontogenesis / endocardial cushion morphogenesis / Molecules associated with elastic fibres / dopamine biosynthetic process / hair follicle morphogenesis / cartilage condensation / generation of neurons / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / uterus development / inner ear development / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / hemopoiesis / positive regulation of cell division / positive regulation of SMAD protein signal transduction / positive regulation of epithelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition / blood vessel remodeling / hair follicle development / cardiac muscle cell proliferation / ECM proteoglycans / neuron development / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / heart morphogenesis / salivary gland morphogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of cell cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / neutrophil chemotaxis / epithelial cell differentiation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / axon guidance / response to progesterone / negative regulation of angiogenesis / platelet alpha granule lumen / cytokine activity / skeletal system development / positive regulation of protein secretion / regulation of actin cytoskeleton organization / neural tube closure / growth factor activity / kidney development / wound healing / negative regulation of cell growth / positive regulation of immune response / positive regulation of miRNA transcription / response to wounding
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-2 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain ...Transforming growth factor beta-2 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-2 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Gruetter, M. / Schlunegger, M.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: An unusual feature revealed by the crystal structure at 2.2 A resolution of human transforming growth factor-beta 2.
著者: Schlunegger, M.P. / Grutter, M.G.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1992
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Recombinant Human Transforming Growth Factor Beta2
著者: Schlunegger, M.P. / Cerletti, N. / Cox, D.A. / Mcmaster, G.K. / Schmitz, A. / Gruetter, M.G.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1992
タイトル: Crystal Structure of Transforming Growth Factor-Beta2: An Unusual Fold for the Superfamily
著者: Daopin, S. / Piez, K.A. / Ogawa, Y. / Davies, D.R.
履歴
登録1992年11月17日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: pdbx_database_status / software
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSFORMING GROWTH FACTOR, BETA 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7331
ポリマ－12,7331
非ポリマー00
水1,51384
1
A: TRANSFORMING GROWTH FACTOR, BETA 2

A: TRANSFORMING GROWTH FACTOR, BETA 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4652
ポリマ－25,4652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
Buried area2550 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11680 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)60.600, 60.600, 75.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Atom site foot note1: RESIDUE 36 IS A CIS PROLINE.

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要素

#1: タンパク質 TRANSFORMING GROWTH FACTOR, BETA 2


分子量: 12732.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61812
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.69 %
結晶化
*PLUS
pH: 3 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
210 mMsodium acetate1drop
30.1 Msodium acetate1reservoir
425-35 %(w/v)PEG4001reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 14995 / Rmerge(I) obs: 0.106

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
TNT精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.95→8 Å / Rfactor Rwork: 0.194 / Rfactor obs: 0.194
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数890 0 0 84 974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.97
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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