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- PDB-1tf3: TFIIIA FINGER 1-3 BOUND TO DNA, NMR, 22 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tf3
タイトルTFIIIA FINGER 1-3 BOUND TO DNA, NMR, 22 STRUCTURES
要素
  • (5S RNA GENE) x 2
  • TRANSCRIPTION FACTOR IIIA
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TFIIIA / PROTEIN / DNA / TRANSCRIPTION FACTOR / 5S RNA GENE / DNA BINDING PROTEIN / ZINC FINGER / COMPLEX (TRANSCRIPTION REGULATION-DNA) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal large subunit biogenesis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / TFIIIA, beta-beta-alpha zinc finger / : / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. ...: / TFIIIA, beta-beta-alpha zinc finger / : / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor IIIA
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Foster, M.P. / Wuttke, D.S. / Radhakrishnan, I. / Case, D.A. / Gottesfeld, J.M. / Wright, P.E.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Domain packing and dynamics in the DNA complex of the N-terminal zinc fingers of TFIIIA.
著者: Foster, M.P. / Wuttke, D.S. / Radhakrishnan, I. / Case, D.A. / Gottesfeld, J.M. / Wright, P.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Solution structure of the first three zinc fingers of TFIIIA bound to the cognate DNA sequence: determinants of affinity and sequence specificity
著者: Wuttke, D.S. / Foster, M.P. / Case, D.A. / Gottesfeld, J.M. / Wright, P.E.
履歴
登録1997年7月1日処理サイト: BNL
改定 1.01997年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5S RNA GENE
F: 5S RNA GENE
A: TRANSCRIPTION FACTOR IIIA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0626
ポリマ－19,8663
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)22 / 64RESTRAINT ENERGIES < 11 KCAL, NO DISTANCE VIOLATIONS > 0.3 A
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 5S RNA GENE / 5S GENE


分子量: 4690.045 Da / 分子数: 1
断片: C-BLOCK, NT 79-93 OF 5S RNA GENE, NON-CODING AND CODING STRANDS
由来タイプ: 合成
詳細: GENE FRAGMENT ENCODING FINGERS 1-3 OF TFIIIA WAS SUBCLONED INTO PET21A PLASMID AND EXPRESSED IN ESCHERICHIA COLI BL21 (DE3) CELLS. DNA OLIGONUCLEOTIDE WAS OBTAINED BY SOLID-PHASE SYNTHESIS
#2: DNA鎖 5S RNA GENE / 5S GENE


分子量: 4489.926 Da / 分子数: 1
断片: C-BLOCK, NT 79-93 OF 5S RNA GENE, NON-CODING AND CODING STRANDS
由来タイプ: 合成
詳細: GENE FRAGMENT ENCODING FINGERS 1-3 OF TFIIIA WAS SUBCLONED INTO PET21A PLASMID AND EXPRESSED IN ESCHERICHIA COLI BL21 (DE3) CELLS. DNA OLIGONUCLEOTIDE WAS OBTAINED BY SOLID-PHASE SYNTHESIS
#3: タンパク質 TRANSCRIPTION FACTOR IIIA / TFIIIA


分子量: 10686.225 Da / 分子数: 1 / 断片: FINGERS 1-3 OF TFIIIA, RESIDUES 1, 11 - 101 / Mutation: C35S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: MINIMAL DNA BINDING, ZF1-3 CONTAINS THREE ZINC ATOMS, TETRAHEDRALLY COORDINATED BY TWO CYSTEINE AND TWO HISTIDINE SIDE CHAINS
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Cell: OOCYTES / 細胞株: BL21 / プラスミド: PET21A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P03001
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: NO

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試料調製

試料状態pH: 6.7 / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker DMXBrukerDMX7503

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解析

ソフトウェア名称: AMBER / 分類: 精密化
NMR software
名称開発者分類
AmberPEARLMAN,CASE,CALDWELL,ROSS,CHEATHAM, FERGUSON,SEIBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN精密化
Amber構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: RESTRAINT ENERGIES < 11 KCAL, NO DISTANCE VIOLATIONS > 0.3 A
計算したコンフォーマーの数: 64 / 登録したコンフォーマーの数: 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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