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- PDB-1q4r: Gene Product of At3g17210 from Arabidopsis Thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q4r
タイトルGene Product of At3g17210 from Arabidopsis Thaliana
要素protein At3g17210
キーワードUNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / Arabidopsis Thaliana / Center for Eukaryotic Structural Genomics / Protein Structure Initiative / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to fungus / defense response to bacterium / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Stress-response A/B barrel domain-containing protein HS1/DABB1-like / Stress responsive alpha-beta barrel / Stress responsive A/B Barrel Domain / Stress-response A/B barrel domain profile. / Stress responsive A/B Barrel Domain / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Stress-response A/B barrel domain-containing protein HS1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Phillips Jr., G.N. / Bingman, C.A. / Johnson, K.A. / Smith, D.W. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the protein from gene At3g17210 of Arabidopsis thaliana
著者: Bingman, C.A. / Johnson, K.A. / Peterson, F.C. / Frederick, R.O. / Zhao, Q. / Thao, S. / Fox, B.G. / Volkman, B.F. / Jeon, W.B. / Smith, D.W. / Newman, C.S. / Ulrich, E.L. / Hegeman, A. / ...著者: Bingman, C.A. / Johnson, K.A. / Peterson, F.C. / Frederick, R.O. / Zhao, Q. / Thao, S. / Fox, B.G. / Volkman, B.F. / Jeon, W.B. / Smith, D.W. / Newman, C.S. / Ulrich, E.L. / Hegeman, A. / Sussman, M.R. / Markley, J.L. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2003年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein At3g17210
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6002
ポリマ－12,5761
非ポリマー241
水1,964109
1
A: protein At3g17210
ヘテロ分子

A: protein At3g17210
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2014
ポリマ－25,1522
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area10440 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.468, 55.468, 57.673
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-7042-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis:-x, -y, z and a translation of 0 1 0

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要素

#1: タンパク質 protein At3g17210


分子量: 12576.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At3g17210 / プラスミド: PVP13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9LUV2
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.5 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Sodium MES, Sodium citrate, MEthyl Ether PEG 5000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
130 %(w/v)mPEG50001reservoir
2120 mMsodium cirtate1reservoir
3100 mMsodium HEPES1reservoirpH6.0
4100 mM1dropNaCl
510 mMsodium HEPES1droppH7.0
614 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月26日 / 詳細: Bent cylindrical Si-mirror (Rh coating)
放射モノクロメーター: Diamond (111) double-crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 7570 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 35.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique all: 598 / % possible all: 75.2
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 14162 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 5.2 % / Num. measured all: 75176
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 52.6 % / Rmerge(I) obs: 0.274

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVERESOLVE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.331 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2323 369 4.9 %RANDOM
Rwork0.18217 ---
all0.18469 7209 --
obs0.18469 7209 94.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.214 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0.07 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数818 0 1 109 928
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.021850
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02769
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8611.9491153
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02531806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1855102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3380.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02161
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2440.2837
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2330.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2760.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0581.5519
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8512844
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7963331
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4824.5309
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 27 -
Rwork0.258 342 -
obs-598 75.2 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.232 / Rfactor Rwork: 0.185
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.861

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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