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万見
- PDB-1tf1: Crystal Structure of the E. coli Glyoxylate Regulatory Protein Li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tf1
タイトルCrystal Structure of the E. coli Glyoxylate Regulatory Protein Ligand Binding Domain
要素Negative regulator of allantoin and glyoxylate utilization operons
キーワードTRANSCRIPTION / Midwest Center for Structural Genomics / GlcR / ligand binding domain / transcriptional regulator / PSI / Protein Structure Initiative / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / DNA binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix isocitrate lyase regulation / IclR helix-turn-helix domain / Transcription regulator IclR, N-terminal / Transcription regulator IclR, C-terminal / : / Bacterial transcriptional regulator IclR C-terminal / IclR-type HTH domain profile. / IclR effector binding domain profile. / GAF domain / GAF-like domain superfamily ...helix_turn_helix isocitrate lyase regulation / IclR helix-turn-helix domain / Transcription regulator IclR, N-terminal / Transcription regulator IclR, C-terminal / : / Bacterial transcriptional regulator IclR C-terminal / IclR-type HTH domain profile. / IclR effector binding domain profile. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional repressor AllR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Walker, J.R. / Skarina, T. / Kudrytska, M. / Joachimiak, A. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural and biochemical study of effector molecule recognition by the E.coli glyoxylate and allantoin utilization regulatory protein AllR.
著者: Walker, J.R. / Altamentova, S. / Ezersky, A. / Lorca, G. / Skarina, T. / Kudritska, M. / Ball, L.J. / Bochkarev, A. / Savchenko, A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of Thermotoga maritima 0065, a member of the IclR transcriptional factor family
著者: Zhang, R.G. / Kim, Y. / Skarina, T. / Beasley, S. / Laskowski, R. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Savchenko, A.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Analyses of the Ligand Binding Sites of the IclR family of transcriptional regulators
著者: Walker, J.R. / Evdokimova, L. / Zhang, R.G. / Bochkarev, A. / Joachimiak, A. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Savchenko, A.
履歴
登録2004年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300BIOMOLECULE GEL FILTRATION STUDIES SHOW THAT THE GLCR LIGAND BINDING DOMAIN FORMS A MONOMER IN SOLUTION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Negative regulator of allantoin and glyoxylate utilization operons
B: Negative regulator of allantoin and glyoxylate utilization operons
C: Negative regulator of allantoin and glyoxylate utilization operons
D: Negative regulator of allantoin and glyoxylate utilization operons


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8664
ポリマ－85,8664
非ポリマー00
水10,719595
1
A: Negative regulator of allantoin and glyoxylate utilization operons


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4671
ポリマ－21,4671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Negative regulator of allantoin and glyoxylate utilization operons


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4671
ポリマ－21,4671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Negative regulator of allantoin and glyoxylate utilization operons


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4671
ポリマ－21,4671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Negative regulator of allantoin and glyoxylate utilization operons


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4671
ポリマ－21,4671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.796, 97.538, 144.488
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a tetramer generated by applying the translation -46.4850, -48.8411, 0.0000 to molecule C.

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要素

#1: タンパク質
Negative regulator of allantoin and glyoxylate utilization operons / Transcriptional regulator allR / APC5051


分子量: 21466.574 Da / 分子数: 4 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: glxa3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACN4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 595 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.56 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MgCl2, PEG3350, Tris PH 8.5, ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年1月12日
放射モノクロメーター: CONFOCAL MULTILAYER OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 59628 / Num. obs: 59628 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.277 / Num. unique all: 5986 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T9L

1t9l
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.8→19.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2980696.7 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 3033 5.1 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 59563 97.7 %-
all-59563 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.8659 Å2 / ksol: 0.363963 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.76 Å20 Å20 Å2
2---10.08 Å20 Å2
3---8.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5457 0 0 595 6052
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.482
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.552.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 529 5.3 %
Rwork0.242 9374 -
obs--98.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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