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- PDB-1tee: Crystal structure of C205F mutant of PKS18 from Mycobacterium tub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tee
タイトルCrystal structure of C205F mutant of PKS18 from Mycobacterium tuberculosis
要素pks18
キーワードTRANSFERASE / thiolase fold / substrate binding tunnel
機能・相同性
機能・相同性情報


chalcone biosynthetic process / polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-pyrone synthesis polyketide synthase-like Pks18 / Alpha-pyrone synthesis polyketide synthase-like Pks18
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Sankaranarayanan, R. / Shanmugam, V.M. / Rukmini, R.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: A novel tunnel in mycobacterial type III polyketide synthase reveals the structural basis for generating diverse metabolites
著者: Sankaranarayanan, R. / Saxena, P. / Marathe, U.B. / Gokhale, R.S. / Shanmugam, V.M. / Rukmini, R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic investigations of an unusual type III polyketide synthase PKS18 from Mycobacterium tuberculosis
著者: Rukmini, R. / Shanmugam, V.M. / Saxena, P. / Gokhale, R.S. / Sankaranarayanan, R.
履歴
登録2004年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pks18
B: pks18
C: pks18
D: pks18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,4694
ポリマ－168,4694
非ポリマー00
水00
1
A: pks18
B: pks18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2352
ポリマ－84,2352
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area26600 Å2
手法PISA
2
C: pks18
D: pks18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2352
ポリマ－84,2352
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area26570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.952, 80.431, 99.975
Angle α, β, γ (deg.)108.15, 93.14, 103.88
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is a homodimer. The file contains two of them, AB and CD.

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要素

#1: タンパク質
pks18 / Polyketide synthase


分子量: 42117.348 Da / 分子数: 4 / 変異: C205F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: pks18 / プラスミド: pET21C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7D8I1, UniProt: P9WPF1*PLUS, chalcone synthase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: PEG 8000, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→25 Å / Num. all: 37759 / Num. obs: 36320 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.66 % / Biso Wilson estimate: 46.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 7.53
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3451 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4(MOLREP)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PKS18 wild type structure

解像度: 2.9→24.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1147036.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1805 5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.221 36320 96.6 %-
all-36320 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.5044 Å2 / ksol: 0.368178 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.34 Å23.37 Å20.9 Å2
2---3.06 Å23.8 Å2
3----2.28 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→24.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10876 0 0 0 10876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 159 4.9 %
Rwork0.328 3076 -
obs--85.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMCNS_ION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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