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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tdc | ||||||
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タイトル | STRUCTURES OF THYMIDYLATE SYNTHASE WITH A C-TERMINAL DELETION: ROLE OF THE C-TERMINUS IN ALIGNMENT OF D/UMP AND CH2H4FOLATE | ||||||
要素 | THYMIDYLATE SYNTHASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (METHYLTRANSFERASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lactobacillus casei (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Perry, K.M. / Carreras, C.W. / Chang, L.C. / Santi, D.V. / Stroud, R.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Structures of thymidylate synthase with a C-terminal deletion: role of the C-terminus in alignment of 2'-deoxyuridine 5'-monophosphate and 5,10-methylenetetrahydrofolate. 著者: Perry, K.M. / Carreras, C.W. / Chang, L.C. / Santi, D.V. / Stroud, R.M. #1: ジャーナル: Science / 年: 1987 タイトル: Atomic Structure of Thymidylate Synthase: Target for Rational Drug Design 著者: Hardy, L.W. / Finer-Moore, J.S. / Montfort, W.R. / Jones, M.O. / Santi, D.V. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tdc.cif.gz | 76.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tdc.ent.gz | 57.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tdc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1tdc_validation.pdf.gz | 443.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1tdc_full_validation.pdf.gz | 472.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1tdc_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1tdc_validation.cif.gz | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/1tdc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/1tdc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36531.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア) 参照: UniProt: P00469, thymidylate synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-UMP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.75 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.65 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 13210 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.21 / 最高解像度: 2.65 Å 詳細: THE ELECTRON DENSITY FOR THIS STRUCTURE IS POOR IN REGIONS CORRESPONDING TO RESIDUES 21 - 26 AND 90 - 139. | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.65 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.65 Å / Rfactor obs: 0.213 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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