- PDB-1td6: Crystal structure of the conserved hypothetical protein MP506/MPN... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 1td6
タイトル
Crystal structure of the conserved hypothetical protein MP506/MPN330 (gi: 1674200)from Mycoplasma pneumoniae
要素
Hypothetical protein MG237 homolog
キーワード
STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / ALPHA HELICAL / PSI / Protein Structure Initiative / Berkeley Structural Genomics Center / BSGC
機能・相同性
機能・相同性情報
Hypothetical protein mg237 homolog; domain 3 / hypothetical protein mp506/mpn330, domain 1 / hypothetical protein mp506/mpn330, domain 2 / hypothetical protein mp506/mpn330, domain 2 / Uncharacterised protein MG237, central domain / Uncharacterised protein MG237, N-terminal / Protein of unknown function DUF3196 / Protein of unknown function (DUF3196) / hypothetical protein mp506/mpn330, domain 1 / Cyclin A; domain 1 ...Hypothetical protein mg237 homolog; domain 3 / hypothetical protein mp506/mpn330, domain 1 / hypothetical protein mp506/mpn330, domain 2 / hypothetical protein mp506/mpn330, domain 2 / Uncharacterised protein MG237, central domain / Uncharacterised protein MG237, N-terminal / Protein of unknown function DUF3196 / Protein of unknown function (DUF3196) / hypothetical protein mp506/mpn330, domain 1 / Cyclin A; domain 1 / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
温度: 298 K 手法: 蒸気拡散法, sitting drop (hydra crystallization robot) pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 1.5 M Lithium Sulfate monohydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP (HYDRA CRYSTALLIZATION ROBOT), temperature 298K
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データ収集
回折
平均測定温度: 100 K
放射光源
由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9792 Å
検出器
タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月11日
放射
モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.5→41.4 Å / Num. all: 25896 / Num. obs: 25029 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 36.5 Å2 / Net I/σ(I): 28.2
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
CNS
1.1
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
SOLVE
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→41.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 106735.87 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber