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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tcx | ||||||
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タイトル | HIV TRIPLE MUTANT PROTEASE COMPLEXED WITH INHIBITOR SB203386 | ||||||
![]() | HIV PROTEASE | ||||||
![]() | HYDROLASE (ACID PROTEASE) / AIDS / POLYPROTEIN / HYDROLASE / ASPARTYL PROTEASE / ENDONUCLEASE / RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / ACID PROTEASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Hoog, S.S. / Abdel-Meguid, S.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Human immunodeficiency virus protease ligand specificity conferred by residues outside of the active site cavity. 著者: Hoog, S.S. / Towler, E.M. / Zhao, B. / Doyle, M.L. / Debouck, C. / Abdel-Meguid, S.S. #1: ![]() タイトル: An Orally Bioavailable HIV-1 Protease Inhibitor Containing an Imidazole-Derived Peptide Bond Replacement: Crystallographic and Pharmacokinetic Analysis 著者: Abdel-Meguid, S.S. / Metcalf, B.W. / Carr, T.J. / Demarsh, P. / Desjarlais, R.L. / Fisher, S. / Green, D.W. / Ivanoff, L. / Lambert, D.M. / Murthy, K.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 468.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 470.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10817.783 Da / 分子数: 2 / 変異: I32V, V47I, I82V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 遺伝子: HIV-1 PROTEASE / 遺伝子 (発現宿主): HIV-1 PROTEASE / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-IM1 / ( | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.55 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 日付: 1993 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→8 Å / Num. obs: 9902 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.074 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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