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- PDB-1tbx: Crystal structure of SSV1 F-93 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tbx
タイトルCrystal structure of SSV1 F-93
要素Hypothetical 11.0 kDa protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Sulfolobus Spindle Virus / Winged Helix / F-93 / fusellovirus
機能・相同性Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Protein F-93
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kraft, P. / Oeckinghaus, A. / Kummel, D. / Gauss, G.H. / Wiedenheft, B. / Young, M. / Lawrence, C.M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of F-93 from Sulfolobus spindle-shaped virus 1, a winged-helix DNA binding protein.
著者: Kraft, P. / Oeckinghaus, A. / Kummel, D. / Gauss, G.H. / Gilmore, J. / Wiedenheft, B. / Young, M. / Lawrence, C.M.
履歴
登録2004年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical 11.0 kDa protein
B: Hypothetical 11.0 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8112
ポリマ－23,8112
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area9930 Å2
手法PISA
2
A: Hypothetical 11.0 kDa protein
B: Hypothetical 11.0 kDa protein

A: Hypothetical 11.0 kDa protein
B: Hypothetical 11.0 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6224
ポリマ－47,6224
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation13_545y+1/4,x-1/4,-z+3/41
Buried area6270 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area17620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.493, 120.493, 120.493
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAASPAA11 - 1911 - 19
21ALAASPBB11 - 1911 - 19
32ALAASNAA24 - 3324 - 33
42ALAASNBB24 - 3324 - 33
53THRGLUAA40 - 5340 - 53
63THRGLUBB40 - 5340 - 53
74GLULYSAA71 - 9171 - 91
84GLULYSBB71 - 9171 - 91
詳細The biological assembly is thought to correspond to the dimer of the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical 11.0 kDa protein / ORF F-93


分子量: 11905.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus virus 1 (ウイルス) / 属: Fusellovirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20222

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 3.25 M NaCl, 120 mM HEPES, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9790, 0.9787, 0.9562
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.97871
30.95621
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 7936 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 9.24 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 41
反射 シェル解像度: 2.7→2.81 Å / Rsym value: 0.167 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 13.643 / SU ML: 0.263 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.491 / ESU R Free: 0.317 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25945 401 4.8 %RANDOM
Rwork0.1914 ---
obs0.19448 7936 97.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.457 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.317 Å0.491 Å
Luzzati d res low-2.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1535 0 0 0 1535
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221572
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9241.9652111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2025182
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021167
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2550.2779
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3270.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9835916
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.60261476
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8196656
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.6427.5635
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
216tight positional0.080.05
229medium positional0.570.5
216tight thermal0.220.5
229medium thermal1.792
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.771 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.282 23
Rwork0.277 557
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 79.7916 Å / Origin y: 60.6764 Å / Origin z: 35.9355 Å
111213212223313233
T0.4123 Å20.123 Å20.0218 Å2-0.4392 Å20.1351 Å2--0.0663 Å2
L6.6315 °2-1.475 °2-4.2961 °2-3.5343 °2-0.5633 °2--6.4668 °2
S-0.1009 Å °0.1736 Å °-0.0181 Å °0.5072 Å °0.1233 Å °0.1963 Å °-0.7312 Å °-0.4417 Å °-0.0225 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B2 - 91
2X-RAY DIFFRACTION1A3 - 96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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