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万見
- PDB-1t9h: The crystal structure of YloQ, a circularly permuted GTPase. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t9h
タイトルThe crystal structure of YloQ, a circularly permuted GTPase.
要素Probable GTPase engC
キーワードHYDROLASE / N-terminal beta-barrel domain with Oligonucleotide Binding fold / central GTP binding domain / C-terminal zinc-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / ribosomal small subunit biogenesis / rRNA binding / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosome biogenesis GTPase RsgA, N-terminal / RsgA N-terminal domain / Probable gtpase engc; domain 3 / Ribosome biogenesis GTPase RsgA / RsgA GTPase domain / RsgA GTPase / EngC GTPase domain profile. / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. ...Ribosome biogenesis GTPase RsgA, N-terminal / RsgA N-terminal domain / Probable gtpase engc; domain 3 / Ribosome biogenesis GTPase RsgA / RsgA GTPase domain / RsgA GTPase / EngC GTPase domain profile. / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / URANYL (VI) ION / Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Levdikov, V.M. / Blagova, E.V. / Brannigan, J.A. / Cladiere, L. / Antson, A.A. / Isupov, M.N. / Seror, S.J. / Wilkinson, A.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The Crystal Structure of YloQ, a Circularly Permuted GTPase Essential for Bacillus Subtilis Viability.
著者: Levdikov, V.M. / Blagova, E.V. / Brannigan, J.A. / Cladiere, L. / Antson, A.A. / Isupov, M.N. / Seror, S.J. / Wilkinson, A.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization of YloQ, a GTPase of unknown function essential for Bacillus subtilis viability.
著者: Cladiere, L. / Blagova, E.V. / Levdikov, V.M. / Brannigan, J.A. / Seror, S.J. / Wilkinson, A.J.
履歴
登録2004年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable GTPase engC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,59117
ポリマ－35,0271
非ポリマー2,56316
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.970, 47.970, 279.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Probable GTPase engC / YloQ


分子量: 35027.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ENGC, BSU15780 / プラスミド: pOMG201 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a
参照: UniProt: O34530, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

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非ポリマー , 5種, 319分子

#2: 化合物
ChemComp-IUM / URANYL (VI) ION


分子量: 270.028 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2U
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 5000, calcium acetate, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月11日 / 詳細: Si mirror
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→22 Å / Num. all: 44626 / Num. obs: 44626 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 4339 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.9999精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.6→20.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.904 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17801 2243 5 %RANDOM
Rwork0.14396 ---
all0.14565 42211 --
obs0.14565 42211 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.801 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2322 0 41 303 2666
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222394
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2531.9553213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96734975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1115283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.76224.25120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.6415429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3641516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.22219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.21378
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2230.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3380.26
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2210.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2560.2120
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2680.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.34541496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9664580
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1862331
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.39881015
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.56810882
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.06334912
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.3473308
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.95234486
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.239 152
Rwork0.162 2983
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.26530.1162-0.24071.37652.11373.3855-0.0240.1386-0.0159-0.15620.0534-0.0206-0.20460.1288-0.02940.1090.0001-0.0185-0.05160.0136-0.013920.524-12.4213.283
21.0137-0.4205-0.58272.68320.52031.71890.0050.0147-0.0659-0.06230.02220.30710.0861-0.3032-0.0272-0.0129-0.0067-0.0103-0.03290.0307-0.032610.3312.64121.064
32.972.63721.11263.79932.06872.33130.1446-0.1591-0.22740.2171-0.1535-0.0440.2634-0.170.00880.04910.027-0.0076-0.09860.014-0.027616.8740.83419.478
42.5152-0.91750.88621.7636-0.93192.1745-0.0584-0.02990.18390.0768-0.0633-0.246-0.15320.25980.12170.0033-0.0293-0.0167-0.05790.0149-0.021630.0225.26624.888
50.14060.5036-0.05292.34220.84482.00430.04240.01440.0836-0.43160.0465-0.1338-0.08510.0308-0.08890.01780.03410.032-0.11540.0252-0.119323.33618.0749.125
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-7 - 672 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2AA68 - 18677 - 195
3X-RAY DIFFRACTION3AA206 - 233215 - 242
4X-RAY DIFFRACTION4AA234 - 298243 - 307
5X-RAY DIFFRACTION5AB - I401 - 4081

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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