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- PDB-1t8b: Crystal structure of refolded PHOU-like protein (gi 2983430) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t8b
タイトルCrystal structure of refolded PHOU-like protein (gi 2983430) from Aquifex aeolicus
要素Phosphate transport system protein phoU homolog
キーワードTRANSPORT PROTEIN / alpha-helical protein consisting of two 3-helix bundles / Structural Genomics / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phosphate metabolic process / negative regulation of phosphate transmembrane transport / phosphate ion transport / intracellular phosphate ion homeostasis / negative regulation of gene expression / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphate transport system protein PhoU / PhoU domain / PhoU domain / Phosphate transport system protein phou homolog 2; domain 2 / PhoU-like domain superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphate-specific transport system accessory protein PhoU homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Oganesyan, V. / Kim, S.-H. / Oganesyan, N. / Jancarik, J. / Adams, P.D. / Kim, R. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the "PhoU-like" phosphate uptake regulator from Aquifex aeolicus.
著者: Oganesyan, V. / Oganesyan, N. / Adams, P.D. / Jancarik, J. / Yokota, H.A. / Kim, R. / Kim, S.H.
履歴
登録2004年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphate transport system protein phoU homolog
B: Phosphate transport system protein phoU homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8902
ポリマ－51,8902
非ポリマー00
水00
1
A: Phosphate transport system protein phoU homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9451
ポリマ－25,9451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Phosphate transport system protein phoU homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9451
ポリマ－25,9451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
A: Phosphate transport system protein phoU homolog

B: Phosphate transport system protein phoU homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8902
ポリマ－51,8902
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_654-y+1,x-y,z-1/31
Buried area3090 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.094, 85.094, 62.825
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 7 - 214 / Label seq-ID: 7 - 214

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細Biological assembly is monomeric

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要素

#1: タンパク質 Phosphate transport system protein phoU homolog


分子量: 25944.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: PHOU, AQ_906 / プラスミド: pB4.1105B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: O67053

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Lithium Sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月10日 / 詳細: double Si(111) crystal
放射モノクロメーター: double Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.23→48 Å / Num. obs: 8109 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 120 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 3.23→3.393 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.78 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
Blu-Iceデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
SOLVE位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換
開始モデル: pdb entry 1T72

1t72


解像度: 3.23→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 33.07 / SU ML: 0.532 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.541 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Matrix scaling, diagonal term 0.02
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24846 367 4.6 %RANDOM
Rwork0.21427 ---
obs0.21596 7667 99.09 %-
all-8109 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 128.948 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.79 Å2-1.89 Å20 Å2
2---3.79 Å20 Å2
3---5.68 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.532 Å0.541 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.23→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3358 0 0 0 3358
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223396
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4221.9824572
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8055414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.260.21869
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2128
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3070.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3740.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3181.52078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.70523366
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.39531318
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6124.51206
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1679 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.030.05
tight thermal0.050.5
LS精密化 シェル解像度: 3.23→3.393 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.385 47
Rwork0.365 1037
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
116.6352-6.22060.781914.3329-2.24423.8774-1.81520.86960.1078-0.25410.51310.06970.3561-0.31521.30210.374-0.2743-0.23660.2560.07660.32113.9785.8180.147
219.7933-5.5181.50029.44550.97474.3883-0.26660.51930.12031.5935-0.6847-0.19080.3347-0.07840.95130.5704-0.2153-0.15150.1420.13960.312140.62139.55929.471
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 2147 - 214
2X-RAY DIFFRACTION2BB7 - 2147 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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