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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1t8b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of refolded PHOU-like protein (gi 2983430) from Aquifex aeolicus | ||||||
![]() | Phosphate transport system protein phoU homolog | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / alpha-helical protein consisting of two 3-helix bundles / Structural Genomics / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of phosphate transmembrane transport / negative regulation of phosphate metabolic process / phosphate ion transport / intracellular phosphate ion homeostasis / negative regulation of gene expression / protein homodimerization activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Oganesyan, V. / Kim, S.-H. / Oganesyan, N. / Jancarik, J. / Adams, P.D. / Kim, R. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the "PhoU-like" phosphate uptake regulator from Aquifex aeolicus. 著者: Oganesyan, V. / Oganesyan, N. / Adams, P.D. / Jancarik, J. / Yokota, H.A. / Kim, R. / Kim, S.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 7 - 214 / Label seq-ID: 7 - 214
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詳細 | Biological assembly is monomeric |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25944.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Lithium Sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月10日 / 詳細: double Si(111) crystal |
放射 | モノクロメーター: double Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.23→48 Å / Num. obs: 8109 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 120 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 3.23→3.393 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.78 / % possible all: 90 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() ![]() 開始モデル: pdb entry 1T72 解像度: 3.23→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 33.07 / SU ML: 0.532 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.541 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Matrix scaling, diagonal term 0.02
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 128.948 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.23→15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1679 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.23→3.393 Å / Total num. of bins used: 10 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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