PDB-1t75: Crystal structure of Escherichia coli beta carbonic anhydrase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1t75

タイトル

Crystal structure of Escherichia coli beta carbonic anhydrase

要素

Protein yadF

キーワード

LYASE / Carbon Dioxide reversible hydrating enzyme / Structural Genomics / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center

機能・相同性

機能・相同性情報

carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / protein homotetramerization / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Oganesyan, V. / Kim, S.-H. / Kim, R. / Jancarik, J. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli beta carbonic anhydrase
著者: Oganesyan, V. / Kim, S.-H. / Kim, R. / Jancarik, J.

履歴

登録	2004年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1t75.cif.gz	180.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1t75.ent.gz	146.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1t75.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1t75_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1t75_full_validation.pdf.gz	469 KB	表示
XML形式データ	1t75_validation.xml.gz	34.3 KB	表示
CIF形式データ	1t75_validation.cif.gz	47.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/1t75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/1t75	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2a8c-1 3mf3-2 3mf3-1 2a8d-1 2esf-1 1i6p-1 2a8d-2 1i6o-1 3qy1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BSGCAIR31213

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Protein yadF

B: Protein yadF

D: Protein yadF

E: Protein yadF

ヘテロ分子

101 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.447, 110.447, 162.536
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

詳細

biological monomer

#1: タンパク質	Protein yadF / beta carbonic anhydrase 分子量: 25130.779 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YADF, B0126, SF0123, S0125 / プラスミド: pB3.1944B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P61517, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: peg 3000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月10日 / 詳細: Si(111)
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48 Å / Num. all: 32980 / Num. obs: 32980 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 15 % / B_iso Wilson estimate: 38 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / R_sym value: 0.14 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 11.6 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / Num. unique all: 4361 / R_sym value: 0.68 / % possible all: 88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→91.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 9.68 / SU ML: 0.211 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.612 / ESU R Free: 0.291 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24569	1750	5 %	RANDOM
R_work	0.19589	-	-	-
obs	0.19841	32980	97.84 %	-
all	-	32980	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.31 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.291 Å	0.612 Å
Luzzati d res low	-	2.5 Å
Luzzati sigma a	0.211 Å	0.612 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→91.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6860	0	4	194	7058

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	7008
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6372
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.388	1.937	9504
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.822	3	14788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.52	5	852
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7776
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	1628
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.224	0.2	7448
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	4242
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.083	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.283	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.284	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.23	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.685	1.5	4236
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.284	2	6828
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.675	3	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.849	4.5	2676

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.332	99
R_work	0.296	2069

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7679	0.3871	-0.2628	0.6631	-0.304	1.0419	0.0351	-0.1388	0.0482	0.1401	-0.0767	0.085	-0.3544	0.0895	0.0417	0.2148	-0.0557	-0.0288	0.0463	-0.0367	0.0651	75.6923	37.3694	97.3413
2	0.5284	0.2525	-0.005	0.6962	-0.0025	0.9315	0.0086	-0.1214	-0.0218	0.119	-0.0694	0.0388	-0.0957	-0.0155	0.0608	0.1185	-0.0128	0.0015	0.0886	0.0181	0.0803	69.1304	19.2309	98.0839
3	0.357	0.2416	-0.0312	0.8859	0.1709	1.0038	-0.0813	0.0388	-0.012	-0.1369	0.047	-0.069	-0.1751	0.2282	0.0343	0.1103	-0.1023	-0.0065	0.1102	0.0284	0.0916	87.6579	29.9718	66.371
4	0.5733	0.2993	0.3126	0.3913	0.2358	0.8647	-0.068	0.0868	-0.0124	-0.0625	0.0155	0.0149	-0.0424	0.0716	0.0526	0.0992	-0.0321	-0.0172	0.0792	0.0191	0.0998	72.1368	18.7097	64.0976

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 215	2 - 215
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 215	2 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	3	D	C	2 - 215	2 - 215
4	X-RAY DIFFRACTION	4	E	D	2 - 215	2 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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