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万見
- PDB-1t5m: Structural transitions as determinants of the action of the calci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t5m
タイトルStructural transitions as determinants of the action of the calcium-dependent antibiotic daptomycin
要素DAPTOMYCIN
キーワードANTIBIOTIC / DAPTOMYCIN / CUBICIN / LIPOPEPTIDE / CALCIUM-DEPENDENT
機能・相同性Daptomycin / DECANOIC ACID / :
機能・相同性情報
生物種STREPTOMYCES ROSEOSPORUS (バクテリア)
手法溶液NMR
データ登録者Jung, D. / Rozek, A. / Okon, M. / Hancock, R.E.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural Transitions as Determinants of the Action of the Calcium-Dependent Antibiotic Daptomycin.
著者: Jung, D. / Rozek, A. / Okon, M. / Hancock, R.E.
履歴
登録2004年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DAPTOMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6572
ポリマ－1,4841
非ポリマー1721
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド DAPTOMYCIN / A21978C / CUBICIN


タイプ: Cyclic lipopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1484.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: DAPTOMYCIN IS AN ACIDIC CYCLIC LIPOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS MADE OF TWO PARTS: (1) THREE RESIDUES N-TERM EXOCYCLIC PART (2) A DECAPEPTIDE LACTONE RING DERIVED FROM CYCLISATION OF THR3 SIDE ...詳細: DAPTOMYCIN IS AN ACIDIC CYCLIC LIPOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS MADE OF TWO PARTS: (1) THREE RESIDUES N-TERM EXOCYCLIC PART (2) A DECAPEPTIDE LACTONE RING DERIVED FROM CYCLISATION OF THR3 SIDE CHAIN ONTO THE C-TER CARBOXYL GROUP THE N-DECANOYL FATTY ACID IS LINKED TO THE MAIN BODY OF THE MOLECULE VIA N-TERM ACYLATION.
由来: (合成) STREPTOMYCES ROSEOSPORUS (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00001, Daptomycin
#2: 化合物 ChemComp-DKA / DECANOIC ACID / デカン酸


タイプ: Cyclic lipopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 172.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O2
詳細: DAPTOMYCIN IS AN ACIDIC CYCLIC LIPOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS MADE OF TWO PARTS: (1) THREE RESIDUES N-TERM EXOCYCLIC PART (2) A DECAPEPTIDE LACTONE RING DERIVED FROM CYCLISATION OF THR3 SIDE ...詳細: DAPTOMYCIN IS AN ACIDIC CYCLIC LIPOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS MADE OF TWO PARTS: (1) THREE RESIDUES N-TERM EXOCYCLIC PART (2) A DECAPEPTIDE LACTONE RING DERIVED FROM CYCLISATION OF THR3 SIDE CHAIN ONTO THE C-TER CARBOXYL GROUP THE N-DECANOYL FATTY ACID IS LINKED TO THE MAIN BODY OF THE MOLECULE VIA N-TERM ACYLATION.
参照: Daptomycin
構成要素の詳細DAPTOMYCIN IS A CYCLIC TRIDECAMER LIPOPETIDE. HERE, DAPTOMYCIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER ...DAPTOMYCIN IS A CYCLIC TRIDECAMER LIPOPETIDE. HERE, DAPTOMYCIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND ONE LIGAND (HET) DKA.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES.

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試料調製

詳細内容: 2MM DAPTOMYCIN, 100MM KCL, 2MM EGTA, 0.2MM EDTA, 93% H2O, 7% D2O
試料状態イオン強度: 100mM KCL / pH: 6.6 / 圧: AMBIENT / 温度: 290.15 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
DGII MODULE OF INSIGHT II VER 97.2ACCYLRYS INC.精密化
DGII MODULE OF INSIGHT II VER 97.2構造決定
NMRPIPE 1構造決定
NMRVIEW 5.0.4構造決定
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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