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- PDB-1t5l: Crystal structure of the DNA repair protein UvrB point mutant Y96... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t5l
タイトルCrystal structure of the DNA repair protein UvrB point mutant Y96A revealing a novel fold for domain 2
要素UvrABC system protein B
キーワードDNA excision repair / DNA damage / DNA repair / Nucleotide Excision Repair / UvrB / UvrA / UvrC / NER / Mfd / TRCF
機能・相同性
機能・相同性情報


excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / SOS response / nucleotide-excision repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #240 / UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / Penicillin-binding protein 1b fold / Penicillin-binding protein 1b domain / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain ...Helix Hairpins - #240 / UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / Penicillin-binding protein 1b fold / Penicillin-binding protein 1b domain / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / UVR domain / UVR domain profile. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UvrABC system protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus caldotenax (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Truglio, J.J. / Croteau, D.L. / Skorvaga, M. / DellaVecchia, M.J. / Theis, K. / Mandavilli, B.S. / Van Houten, B. / Kisker, C.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Interactions between UvrA and UvrB: the role of UvrB's domain 2 in nucleotide excision repair
著者: Truglio, J.J. / Croteau, D.L. / Skorvaga, M. / DellaVecchia, M.J. / Theis, K. / Mandavilli, B.S. / Van Houten, B. / Kisker, C.
履歴
登録2004年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999AUTHORS INFORMED THAT THE SEQUENCE THEY PROVIDED IS CORRECT AND THAT THE SEQUENCE IN THE SWISS PROT ...AUTHORS INFORMED THAT THE SEQUENCE THEY PROVIDED IS CORRECT AND THAT THE SEQUENCE IN THE SWISS PROT ENTRY IS INCORRECT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UvrABC system protein B
B: UvrABC system protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,2516
ポリマ－150,9902
非ポリマー2624
水3,531196
1
A: UvrABC system protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6263
ポリマ－75,4951
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UvrABC system protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6263
ポリマ－75,4951
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)150.815, 150.815, 159.832
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
12A
22B
13A
23B
14A
24B
15A
25B

NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLYGLYVALVALAA3 - 903 - 90
211GLYGLYVALVALBB3 - 903 - 90
321PHEPHELEULEUAA131 - 157131 - 157
421PHEPHELEULEUBB131 - 157131 - 157
112PROPROPROPROAA245 - 414245 - 414
212PROPROPROPROBB245 - 414245 - 414
113SERSERASPASPAA91 - 11791 - 117
213SERSERASPASPBB91 - 11791 - 117
114VALVALPHEPHEAA158 - 244158 - 244
214VALVALPHEPHEBB158 - 244158 - 244
115THRTHRVALVALAA415 - 595415 - 595
215THRTHRVALVALBB415 - 595415 - 595

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

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要素

#1: タンパク質 UvrABC system protein B / UvrB protein / Excinuclease ABC subunit B


分子量: 75494.906 Da / 分子数: 2 / 変異: Y96A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus caldotenax (バクテリア)
遺伝子: UVRB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56981
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 6000, Tris, ZnCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 61397

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 11.316 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.405 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28674 3277 5.1 %RANDOM
Rwork0.22962 ---
obs0.23252 61362 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.744 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.82 Å20.91 Å20 Å2
2--1.82 Å20 Å2
3----2.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9612 0 4 196 9812
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0219774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8681.96813208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.58451188
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.21486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027432
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.24294
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2080.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8991.55926
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73529624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.62933848
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5224.53584
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1900medium positional0.290.5
21392medium positional0.310.5
3226medium positional0.480.5
4720medium positional0.490.5
51452medium positional0.310.5
1900medium thermal0.92
21392medium thermal2.072
3226medium thermal0.672
4720medium thermal0.572
51452medium thermal1.152
LS精密化 シェル解像度: 2.602→2.669 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.398 252
Rwork0.337 4421

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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