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- PDB-1t3w: Crystal Structure of the E.coli DnaG C-terminal domain (residues ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t3w
タイトルCrystal Structure of the E.coli DnaG C-terminal domain (residues 434 to 581)
要素DNA primase
キーワードREPLICATION / DnaG / DNA-directed RNA polymerase / E. coli / DNA replication
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaB-DnaG complex / DNA primase DnaG / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / replisome / replication fork processing / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA primase DnaG, DnaB-binding domain / DNA primase DnaG DnaB-binding / DNA primase DnaG DnaB-binding / DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / DNA primase, DnaB-helicase binding domain / DnaB-helicase binding domain of primase / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG / DNA primase, catalytic core, N-terminal ...DNA primase DnaG, DnaB-binding domain / DNA primase DnaG DnaB-binding / DNA primase DnaG DnaB-binding / DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / DNA primase, DnaB-helicase binding domain / DnaB-helicase binding domain of primase / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG / DNA primase, catalytic core, N-terminal / DNA primase DnaG, bacteria / Bacterial DnaG primase, TOPRIM domain / DNA primase, catalytic core, N-terminal domain superfamily / : / CHC2 zinc finger / DNA primase catalytic core, N-terminal domain / zinc finger / DNA Primase, CHC2-type zinc finger / Toprim-like / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / TOPRIM / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / DNA primase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Oakley, A.J. / Loscha, K.V. / Schaeffer, P.M. / Liepinsh, E. / Wilce, M.C.J. / Otting, G. / Dixon, N.E.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal and solution structures of the helicase-binding domain of Escherichia coli primase
著者: Oakley, A.J. / Loscha, K.V. / Schaeffer, P.M. / Liepinsh, E. / Pintacuda, G. / Wilce, M.C.J. / Otting, G. / Dixon, N.E.
#1: ジャーナル: PROTEIN EXPR.PURIF. / 年: 2004
タイトル: Expression, purification, crystallization, and NMR studies of the helicase interaction domain of Escherichia coli DnaG primase
著者: Loscha, K. / Oakley, A.J. / Bancia, B. / Schaeffer, P.M. / Prosselkov, P. / Otting, G. / Wilce, M.C. / Dixon, N.E.
履歴
登録2004年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32016年9月28日Group: Other
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE SELENOMETHIONINE RESIDUES 451, 521, 542 OF CHAIN A AND 542 OF CHAIN B WERE ORIGINALLY ...SEQUENCE SELENOMETHIONINE RESIDUES 451, 521, 542 OF CHAIN A AND 542 OF CHAIN B WERE ORIGINALLY LABELLED AS METHIONINE RESIDUES DUE TO A LACK OF ELECTRON SIDE CHAIN DENSITY

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA primase
B: DNA primase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7793
ポリマ－33,7192
非ポリマー601
水905
1
A: DNA primase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8601
ポリマ－16,8601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA primase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9202
ポリマ－16,8601
非ポリマー601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: DNA primase
B: DNA primase
ヘテロ分子

A: DNA primase
B: DNA primase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5596
ポリマ－67,4394
非ポリマー1202
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y+1/2,-z+1/41
Buried area11260 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area29020 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)142.239, 142.239, 192.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細DnaG is a monomer in solution

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要素

#1: タンパク質 DNA primase


分子量: 16859.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dnaG, dnaP, parB / プラスミド: pKL1176 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0ABS5, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 7.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 5% v/v PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 14-ID-B10.979862, 0.98004
シンクロトロンAPS 14-ID-B20.9776
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1CCD2003年3月1日mirrors
MARRESEARCH2CCD2003年3月1日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Diamond (111) double-crystalMADMx-ray1
2Diamond (111) double-crystalMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9798621
20.980041
30.97761
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 24195 / Num. obs: 24195 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 85.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 12.89
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.689 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / SU B: 9.839 / SU ML: 0.198 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30816 1240 5.2 %RANDOM
Rwork0.26869 ---
all0.2706 22786 --
obs0.27069 22786 97.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.526 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20 Å20 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3----1.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2153 0 4 5 2162
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0212195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4981.9842973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3745269
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021630
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.2950
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2790.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2190.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9051.51348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73622173
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.083847
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7114.5800
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.381 93
Rwork0.323 1680
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.555 Å / Origin y: 43.751 Å / Origin z: 9.674 Å
111213212223313233
T0.1611 Å20.0532 Å2-0.0492 Å2-0.0176 Å2-0.0168 Å2--0.0745 Å2
L0.2488 °2-0.3002 °2-0.1994 °2-0.5285 °20.0509 °2--0.4645 °2
S0.0694 Å °0.0754 Å °-0.0265 Å °-0.2019 Å °-0.1893 Å °-0.0697 Å °-0.112 Å °-0.0204 Å °0.1198 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B51 - 52
2X-RAY DIFFRACTION1A2 - 20
3X-RAY DIFFRACTION1B582
4X-RAY DIFFRACTION1B447 - 581
5X-RAY DIFFRACTION1A447 - 580

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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