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- PDB-1t3i: Structure of slr0077/SufS, the Essential Cysteine Desulfurase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t3i
タイトルStructure of slr0077/SufS, the Essential Cysteine Desulfurase from Synechocystis PCC 6803
要素Probable cysteine desulfurase
キーワードTRANSFERASE / PLP-binding enzyme / cysteine desulfurase
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfurase, SufS / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Cysteine desulfurase, SufS / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
octanoyl-sucrose, esterificated at glucose C3 / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Probable cysteine desulfurase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tirupati, B. / Vey, J.L. / Drennan, C.L. / Bollinger Jr., J.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Kinetic and structural characterization of Slr0077/SufS, the essential cysteine desulfurase from Synechocystis sp. PCC 6803.
著者: Tirupati, B. / Vey, J.L. / Drennan, C.L. / Bollinger Jr., J.M.
履歴
登録2004年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable cysteine desulfurase
B: Probable cysteine desulfurase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0707
ポリマ－92,9232
非ポリマー1,1475
水10,323573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9180 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area25630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.386, 89.308, 141.815
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The asymmetric unit contains the full biological assembly (protein is a homodimer).

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要素

#1: タンパク質 Probable cysteine desulfurase


分子量: 46461.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 遺伝子: CSD, SLR0077 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) star cells / 参照: UniProt: Q55793, cysteine desulfurase
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-3-O-octanoyl-alpha-D-glucopyranose / octanoyl-sucrose / esterificated at glucose C3


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 468.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: octanoyl-sucrose, esterificated at glucose C3
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5_3*OCCCCCCCC/3=O]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{t;]{[(2+1)][a-D-Glcp]{[(3+1)][<C8O1>]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 573 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.3 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M tris pH 8.0, 0.25M MgCl2, 25% PEG 4000, n-octanoylsucrose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月1日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→42.59 Å / Num. all: 104503 / Num. obs: 94984 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Limit h max: 47 / Limit h min: 0 / Limit k max: 48 / Limit k min: 0 / Limit l max: 78 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 298662.48 / Observed criterion F min: 0.32 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.98 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.324 / % possible all: 83.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: polyalanine version of 1JF9.pdb

1jf9


解像度: 1.8→42.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 9531 10 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.194 94984 90.9 %-
all-104466 --
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 47.2305 Å2 / ksol: 0.357404 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 65.35 Å2 / Biso mean: 28.36 Å2 / Biso min: 17.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.411 Å20 Å20 Å2
2---7.776 Å20 Å2
3---11.187 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.18 Å
Luzzati d res high-1.8
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6211 0 74 573 6858
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0581.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.5332
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8672
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.722.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8-1.880.2779827.60.28186380.00912924962074.4
1.88-1.980.23410458.10.23697230.007129281076883.3
1.98-2.110.21412079.30.213103510.006129821155889
2.11-2.270.19712059.30.195107940.006129601199992.6
2.27-2.50.19412189.30.193110510.006130301226994.2
2.5-2.860.19612179.30.196113340.006130601255196.1
2.86-3.60.19512839.80.193115710.005131471285497.8
3.6-42.590.181137410.10.182119910.005135451336598.7
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3prost.parprost.top
X-RAY DIFFRACTION4water.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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