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- PDB-1t2w: Crystal Structure of Sortase A in Complex with a LPETG peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t2w
タイトルCrystal Structure of Sortase A in Complex with a LPETG peptide
要素
  • Class A sortase SrtA
  • Peptide LEU-PRO-GLU-THR-GLY
キーワードHYDROLASE / Sortase / transpeptidase / BETA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / peptide binding / manganese ion binding / calcium ion binding / magnesium ion binding / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Sortase A / Sortase; Chain: A; / Sortase / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zong, Y. / Bice, T.W. / Ton-That, H. / Schneewind, O. / Narayana, S.V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of Staphylococcus aureus sortase A and its substrate complex
著者: Zong, Y. / Bice, T.W. / Ton-That, H. / Schneewind, O. / Narayana, S.V.
履歴
登録2004年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02021年10月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / reflns / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.group_PDB ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _reflns.d_resolution_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class A sortase SrtA
B: Class A sortase SrtA
C: Class A sortase SrtA
D: Peptide LEU-PRO-GLU-THR-GLY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6874
ポリマ－49,6874
非ポリマー00
水4,035224
1
A: Class A sortase SrtA
D: Peptide LEU-PRO-GLU-THR-GLY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9062
ポリマ－16,9062
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Class A sortase SrtA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3911
ポリマ－16,3911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Class A sortase SrtA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3911
ポリマ－16,3911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.640, 82.670, 56.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Class A sortase SrtA / LPXTG specific sortase A / Sortase / Sortase A / Sortase family protein


分子量: 16390.531 Da / 分子数: 3 / 断片: Sortase A (residues 62-206) complexed with LPETG / 変異: C184A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: srtA, srtA_2, A7Q05_0203, A7U51_2758, DD547_02559, DQV53_14585, EP54_00580, EQ90_03180, ER624_01345, ERS365775_01887, FA040_11075, G6Y10_05930, GO814_08865, GZ145_04475, H4Q63_05340, ...遺伝子: srtA, srtA_2, A7Q05_0203, A7U51_2758, DD547_02559, DQV53_14585, EP54_00580, EQ90_03180, ER624_01345, ERS365775_01887, FA040_11075, G6Y10_05930, GO814_08865, GZ145_04475, H4Q63_05340, HMPREF2819_05680, HMPREF3211_00152, HT539_09110, HW113_13780, HYH24_12580, LG33_14175, NCTC10654_02700, NCTC10988_02942, RK65_002860, SABB_01155, SAHC1340_00378, SAMEA103891215_00596, SAMEA103891286_01213, SAMEA103891321_01196, SAMEA1966928_00247, SAMEA1969845_01250, SAMEA1972827_00954, SAMEA2076218_00454, SAMEA2076226_00491, SAMEA2076235_01010, SAMEA2076464_00854, SAMEA2076470_01152, SAMEA2076472_01070, SAMEA2076475_01144, SAMEA2076481_00167, SAMEA2076758_00629, SAMEA2077031_00874, SAMEA2077046_00836, SAMEA2077832_00359, SAMEA2078252_01155, SAMEA2078307_01069, SAMEA2078308_00562, SAMEA2078558_00738, SAMEA2078569_01198, SAMEA2078588_01162, SAMEA2078824_00854, SAMEA2078837_00966, SAMEA2079048_01261, SAMEA2079512_01291, SAMEA2079517_02158, SAMEA2079727_00616, SAMEA2079728_00978, SAMEA2079949_00908, SAMEA2079951_00489, SAMEA2079957_00669, SAMEA2079958_00786, SAMEA2079968_00740, SAMEA2080812_00148, SAMEA2080900_00941, SAMEA2080904_01047, SAMEA2080913_01192, SAMEA2081043_00247, SAMEA2081054_00932, SAMEA2081211_00203, SAMEA2081362_00521, SAMEA2081458_00784, SAMEA2081475_00930, SAMEA4008573_00649, SAMEA4008676_00205, SAMEA958779_01435, SAMEA958793_00205, SAMEA958804_00204, SAMEA958836_00599, SAMEA958838_01748, SAMEA958987_01810
プラスミド: Novagen pET 15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-blue / 参照: UniProt: Q9S446
#2: タンパク質・ペプチド Peptide LEU-PRO-GLU-THR-GLY


分子量: 515.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.35
詳細: Ammonium Sulfate, MES, Sodium Chloride, pH 6.35, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月5日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→27.31 Å / Num. all: 37608 / Num. obs: 34240 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 11 Å2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T2O

1t2o


解像度: 1.8→27.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 766432.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 2805 10 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.195 37680 --
obs0.186 34240 74.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.0958 Å2 / ksol: 0.408279 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.74 Å20 Å2-1.53 Å2
2---4.55 Å20 Å2
3----0.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.06 Å0.02 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3362 0 36 224 3622
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.035
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.23
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 280 10.1 %
Rwork0.174 2506 -
obs--44.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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