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- PDB-1t2v: Structural basis of phospho-peptide recognition by the BRCT domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t2v
タイトルStructural basis of phospho-peptide recognition by the BRCT domain of BRCA1, structure with phosphopeptide
要素
  • BRCTide-7PS
  • Breast cancer type 1 susceptibility protein
キーワードANTITUMOR PROTEIN / BRCT / BRCA1 / breast cancer / cell signaling / missense mutation / phosphopeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function / Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function / BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / random inactivation of X chromosome / negative regulation of centriole replication / sex-chromosome dosage compensation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway ...Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function / Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function / BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / random inactivation of X chromosome / negative regulation of centriole replication / sex-chromosome dosage compensation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / gamma-tubulin ring complex / nuclear ubiquitin ligase complex / DNA strand resection involved in replication fork processing / chordate embryonic development / cellular response to indole-3-methanol / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / homologous recombination / lateral element / protein K6-linked ubiquitination / regulation of DNA damage checkpoint / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / XY body / mitotic G2/M transition checkpoint / postreplication repair / DNA repair complex / RNA polymerase binding / centrosome cycle / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / intracellular non-membrane-bounded organelle / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / DNA-binding transcription activator activity / response to ionizing radiation / Transcriptional Regulation by E2F6 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / negative regulation of cell cycle / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / localization / protein autoubiquitination / regulation of DNA repair / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ubiquitin ligase complex / Meiotic synapsis / positive regulation of DNA repair / tubulin binding / male germ cell nucleus / chromosome segregation / cellular response to ionizing radiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / HDR through Homologous Recombination (HRR) / G2/M DNA damage checkpoint / negative regulation of cell growth / Metalloprotease DUBs / Meiotic recombination / fatty acid biosynthetic process / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of angiogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / KEAP1-NFE2L2 pathway / double-strand break repair / p53 binding / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromosome / cellular response to tumor necrosis factor / Neddylation / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / damaged DNA binding / transcription coactivator activity / nuclear body / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / ribonucleoprotein complex / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / BRCT domain / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / Zinc finger, RING-type, conserved site ...Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / BRCT domain / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Breast cancer type 1 susceptibility protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Williams, R.S. / Lee, M.S. / Hau, D.D. / Glover, J.N.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural basis of phosphopeptide recognition by the BRCT domain of BRCA1
著者: Williams, R.S. / Lee, M.S. / Hau, D.D. / Glover, J.N.M.
履歴
登録2004年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Breast cancer type 1 susceptibility protein
B: Breast cancer type 1 susceptibility protein
C: Breast cancer type 1 susceptibility protein
D: Breast cancer type 1 susceptibility protein
E: Breast cancer type 1 susceptibility protein
F: BRCTide-7PS
G: BRCTide-7PS
H: BRCTide-7PS
I: BRCTide-7PS
J: BRCTide-7PS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,92110
ポリマ－131,92110
非ポリマー00
水00
1
A: Breast cancer type 1 susceptibility protein
F: BRCTide-7PS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3842
ポリマ－26,3842
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11220 Å2
手法PISA
2
B: Breast cancer type 1 susceptibility protein
G: BRCTide-7PS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3842
ポリマ－26,3842
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11490 Å2
手法PISA
3
C: Breast cancer type 1 susceptibility protein
H: BRCTide-7PS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3842
ポリマ－26,3842
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10790 Å2
手法PISA
4
D: Breast cancer type 1 susceptibility protein
I: BRCTide-7PS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3842
ポリマ－26,3842
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11030 Å2
手法PISA
5
E: Breast cancer type 1 susceptibility protein
J: BRCTide-7PS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3842
ポリマ－26,3842
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11220 Å2
手法PISA
6
A: Breast cancer type 1 susceptibility protein
F: BRCTide-7PS

D: Breast cancer type 1 susceptibility protein
I: BRCTide-7PS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7694
ポリマ－52,7694
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area3660 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20600 Å2
手法PISA
7
E: Breast cancer type 1 susceptibility protein
J: BRCTide-7PS

E: Breast cancer type 1 susceptibility protein
J: BRCTide-7PS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7694
ポリマ－52,7694
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area3250 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.117, 138.357, 198.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: ARG / End label comp-ID: PRO / Refine code: 4

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1AA1649 - 18594 - 214
2BB1649 - 18594 - 214
3CC1649 - 18594 - 214
4DD1649 - 18564 - 211
5EE1649 - 18594 - 214

-
要素

#1: タンパク質
Breast cancer type 1 susceptibility protein


分子量: 24531.234 Da / 分子数: 5 / 断片: BRCT DOMAIN 1646-1859 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRCA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38398
#2: タンパク質・ペプチド
BRCTide-7PS


分子量: 1853.038 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro optimized phosphopeptide

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化温度: 298 K / pH: 5.6
詳細: PEG 4000 ammonium acetate, tri-sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 5.60

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1.11
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.303→50 Å / Num. obs: 20289 / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.849 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.814 / SU B: 31.291 / SU ML: 0.541 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: overall, with group TLS thermal parameters
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.669 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 1016 5 %RANDOM
Rwork0.258 ---
obs0.261 19273 99.3 %-
all-20289 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.46 Å20 Å20 Å2
2---0.51 Å20 Å2
3----1.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8380 0 0 0 8380
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0218583
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2521.9311716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.93451085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1440.33680
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.5443
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1180.385
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.57
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it01.55470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it028778
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it033113
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it04.52938
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1398 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.30.5
2Bmedium positional0.330.5
3Cmedium positional0.270.5
4Dmedium positional0.340.5
5Emedium positional0.290.5
1Amedium thermal02
2Bmedium thermal02
3Cmedium thermal02
4Dmedium thermal02
5Emedium thermal02
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.39 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.365 78
Rwork0.263 1397
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.4652-2.3594-1.37435.78190.46384.67620.138-0.30320.25080.1454-0.05160.0135-0.92170.1366-0.08640.5115-0.2221-0.02530.09670.00490.118474.986550.641238.534
26.67753.0281.91758.39343.17094.5337-0.0730.0327-0.1228-0.1052-0.0440.56770.07720.10260.1170.12490.121-0.02770.3943-0.03180.169335.025129.6948-2.2879
34.07891.4762-0.23849.72860.71835.20280.29090.1844-0.1827-0.33130.1168-0.2367-0.25190.6618-0.40770.21620.18550.01450.2732-0.08360.136551.92368.4195-16.848
49.08252.00825.16323.68671.15517.11420.30450.6778-0.4083-0.19210.23250.0288-0.01450.2921-0.5370.40920.1469-0.02160.3167-0.21140.479313.25818.856439.9385
55.7214-2.4776-2.89113.81732.3385.1116-0.11130.064-0.0617-0.03550.06920.009-0.1747-0.20720.04210.1743-0.0612-0.03730.1694-0.00770.089751.564931.879629.9912
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1649 - 18594 - 214
2X-RAY DIFFRACTION1FF1 - 141 - 14
3X-RAY DIFFRACTION2BB1646 - 18591 - 214
4X-RAY DIFFRACTION2GG1 - 141 - 14
5X-RAY DIFFRACTION3CC1649 - 18594 - 214
6X-RAY DIFFRACTION3HH1 - 141 - 14
7X-RAY DIFFRACTION4DD1647 - 18562 - 211
8X-RAY DIFFRACTION4II1 - 111 - 11
9X-RAY DIFFRACTION5EE1649 - 18594 - 214
10X-RAY DIFFRACTION5JJ2 - 132 - 13

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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