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万見
- PDB-1t2s: Structural basis for 3' end recognition of nucleic acids by the D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t2s
タイトルStructural basis for 3' end recognition of nucleic acids by the Drosophila Argonaute 2 PAZ domain
要素
  • 5'-D(*CP*TP*CP*AP*C)-3'
  • Argonaute 2
キーワードnucleic acid binding protein/dna / nucleic acid binding protein / dna / nucleic acid binding protein-dna COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


syncytial nuclear migration / RNAi-mediated antiviral immunity against RNA virus / Post-transcriptional silencing by small RNAs / cellularization / siRNA-mediated heterochromatin formation / pole cell formation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / segment polarity determination / RNAi-mediated antiviral immune response ...syncytial nuclear migration / RNAi-mediated antiviral immunity against RNA virus / Post-transcriptional silencing by small RNAs / cellularization / siRNA-mediated heterochromatin formation / pole cell formation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / segment polarity determination / RNAi-mediated antiviral immune response / RNA endonuclease activity producing 5'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional regulation by small RNAs / neuronal ribonucleoprotein granule / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / piRNA processing / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / RISC-loading complex / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly / siRNA processing / siRNA binding / RISC complex / miRNA binding / negative regulation of viral genome replication / RNA endonuclease activity / cellular response to virus / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / defense response to virus / single-stranded RNA binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / paz domain / DUF1785 ...paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / paz domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Beta Complex / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Protein argonaute-2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Lingel, A. / Simon, B. / Izaurralde, E. / Sattler, M.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Nucleic acid 3'-end recognition by the Argonaute2 PAZ domain.
著者: Lingel, A. / Simon, B. / Izaurralde, E. / Sattler, M.
#1: ジャーナル: NATURE / 年: 2003
タイトル: STRUCTURE AND NUCLEIC-ACID BINDING OF THE DROSOPHILA ARGONAUTE 2 PAZ DOMAIN
著者: Lingel, A. / Simon, B. / Izaurralde, E. / Sattler, M.
履歴
登録2004年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE RESIDUES 1-4 IN THE CONSTRUCT USED FOR THE STRUCTURE DETERMINATION ARE FROM THE EXPRESSION VECTOR.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*CP*TP*CP*AP*C)-3'
A: Argonaute 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3692
ポリマ－15,3692
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 150LOWEST ENERGIES
代表モデルモデル #1lowest energies

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*CP*AP*C)-3'


分子量: 1439.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Argonaute 2 / CG7439 PROTEIN


分子量: 13928.974 Da / 分子数: 1 / Fragment: paz domain, residues 605-723 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PETM60 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9VUQ5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TRIPLE RESONANCE
121NOESY
NMR実験の詳細Text: STRUCTURAL RESTRAINTS WERE DERIVED FROM 13C AND 15N-EDITED AND EDITED FILTERED NOESY EXPERIMENTS

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試料調製

詳細内容: 0.2-1 MM 15N OR 15N,13C-LABELED PROTEIN, 0.1-2.5 MM UNLABELED DNA, 50 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 0.2 MM DTT
試料状態pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 295 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DRXBrukerDRX9003

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解析

NMR software
名称開発者分類
ARIA1.2, CNS1.1NILGES, BRUNGER ET AL.精密化
NMRView構造決定
ARIA/CNS構造決定
精密化手法: MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: THE EXPERIMENTALLY DETERMINED DISTANCE RESTRAINTS WERE APPLIED IN A MIXED TORSION AND CARTESIA DYNAMICS SIMULATED ANNEALING PROTOCOL. THE FINAL STRUCTURE ENSEMBLE WAS REFINED IN A SHELL OF WATER MOLECULES.
代表構造選択基準: lowest energies
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGIES / 計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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