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- PDB-1t2q: The Crystal Structure of an NNA7 Fab that recognizes an N-type bl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t2q
タイトルThe Crystal Structure of an NNA7 Fab that recognizes an N-type blood group antigen
要素
  • Fab NNA7 Heavy Chain
  • Fab NNA7 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / glycophorin A / blood group antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response ...phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / positive regulation of phagocytosis / antigen binding / B cell differentiation / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...: / : / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
If kappa light chain / Ig heavy chain V region MC101 / Ig gamma-1 chain C region secreted form
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Xie, K. / Song, S.C. / Spitalnik, S.L. / Wedekind, J.E.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure and Mutational Analysis of an Antibody that Recognizes an N-type Blood Group Antigen
著者: Xie, K. / Song, S.C. / Spitalnik, S.L. / Wedekind, J.E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Purification, Crystallization and X-ray Diffraction Analysis of a Recombinant Fab that Recognizes a Human Blood Group antigen
著者: Song, S.C. / Xie, K. / Czerwinski, M. / Spitalnik, S.L. / Wedekind, J.E.
#2: ジャーナル: Transfusion / 年: 2004
タイトル: Alteration of Amino Acid Residues at the L-chain N-terminus and in Complementarity-Determining Region 3 Increases Affinity of a Recombinant F(ab) for the Human N Blood Group Antigen
著者: Song, S.C. / Czerwinski, M. / Wojczyk, B.S. / Spitalnik, S.L.
履歴
登録2004年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE The sequence of the protein was not deposited into any sequence database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab NNA7 Heavy Chain
H: Fab NNA7 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8225
ポリマ－47,4432
非ポリマー3793
水11,025612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.863, 77.123, 118.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The asymmetric unit comprises the heavy and light chains that form the Fab fragment

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要素

#1: 抗体 Fab NNA7 Heavy Chain


分子量: 23868.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Monoclonal Antibody / 遺伝子: N92 IgG2a / プラスミド: pComb3H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SURE / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS
#2: 抗体 Fab NNA7 Light Chain


分子量: 23574.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: phage display modified / 遺伝子: N92 L chain / プラスミド: pComb3H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SURE / 参照: UniProt: P01868, UniProt: P01821*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 612 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG MME 5K, ammonium sulfate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年11月11日 / 詳細: Osmic Confocal Blue
放射モノクロメーター: Confocal Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→36.7 Å / Num. obs: 43775 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.83→1.9 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.293 / % possible all: 53

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データスケーリング
AMoRE(STAND ALONE)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 48G7

48g7


解像度: 1.83→36.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 3465 7.9 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.204 43775 92.3 %-
all-43775 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.3753 Å2 / ksol: 0.385562 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.79 Å20 Å20 Å2
2--5.46 Å20 Å2
3----2.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.23 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→36.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3286 0 24 612 3922
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.572
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.32.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.233
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 468 10 %
Rwork0.336 4224 -
obs-4224 60.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3GOL_XPLOR_PARGOL_XPLOR_TOP
X-RAY DIFFRACTION4MES_XPLOR_PARMES_XPLOR_TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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