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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1t2p | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Sortase A from Staphylococcus aureus | ||||||
![]() | sortase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Sortase / BETA BARREL / transpeptidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / ion binding / peptide binding / manganese ion binding / calcium ion binding / magnesium ion binding / proteolysis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zong, Y. / Bice, T.W. / Ton-That, H. / Schneewind, O. / Narayana, S.V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: CRYSTAL STRUCTURES OF STAPHYLOCOCCUS AUREUS SORTASE A AND ITS SUBSTRATE COMPLEX 著者: Zong, Y. / Bice, T.W. / Ton-That, H. / Schneewind, O. / Narayana, S.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 103.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 78.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16493.676 Da / 分子数: 3 / 断片: Delta-N59 (residues 61-206) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: srt / プラスミド: Novagen pET 15b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.35 詳細: Ammonium Sulfate, MES, Sodium Chloride, pH 6.35, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年1月18日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→1.85 Å / Num. all: 34566 / Num. obs: 33894 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 10 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.85 Å / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1T2O 解像度: 2→35.52 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 385696.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 72.9362 Å2 / ksol: 0.37371 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→35.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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