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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1t2n | ||||||
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タイトル | Structure of a thermostable triple mutant of Bacillus subtilis lipase obtained through directed evolution | ||||||
要素 | Lipase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lipase activity / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Rajakumara, E. / Sankaranarayanan, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Structural basis of selection and thermostability of laboratory evolved Bacillus subtilis lipase. 著者: Acharya, P. / Rajakumara, E. / Sankaranarayanan, R. / Rao, N.M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic investigations on several thermostable forms of a Bacillus subtilis lipase. 著者: Rajakumara, E. / Acharya, P. / Ahmad, S. / Shanmugam, V.M. / Rao, N.M. / Sankaranarayanan, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1t2n.cif.gz | 52.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1t2n.ent.gz | 36.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1t2n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1t2n_validation.pdf.gz | 406.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1t2n_full_validation.pdf.gz | 407.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1t2n_validation.xml.gz | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1t2n_validation.cif.gz | 15.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/1t2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/1t2n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The monomer found in the asu is the biologically functional unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19459.875 Da / 分子数: 1 / 変異: L114P, A132D, N166Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: LIPA, LIP, BSU02700 / プラスミド: pET-21b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37957, triacylglycerol lipase |
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#2: 化合物 | ChemComp-K / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.6 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: PEG 3350, ethanolamine, n-octyl-beta-D-glucoside, sodium sulfate, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年2月1日 / 詳細: Osmic |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→25 Å / Num. all: 20416 / Num. obs: 20289 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / Rsym value: 0.026 / Net I/σ(I): 32 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1918 / Rsym value: 0.161 / % possible all: 94.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1I6W 解像度: 1.8→24.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1521273.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The ion present in the coordinates was named potassium based on the B-factor during refinement.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 111.926 Å2 / ksol: 0.520093 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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