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万見
- PDB-1t11: Trigger Factor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t11
タイトルTrigger Factor
要素Trigger factor
キーワードCHAPERONE / helix-turn-helix / four-helix-bundle / PPIase
機能・相同性
機能・相同性情報


'de novo' cotranslational protein folding / protein unfolding / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein transport / ribosome binding / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Trigger factor, domain 2 / Trigger factor, C-terminal domain / Trigger factor ribosome-binding domain / Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily ...Trigger factor, domain 2 / Trigger factor, C-terminal domain / Trigger factor ribosome-binding domain / Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily / Trigger factor/SurA domain superfamily / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ludlam, A.V. / Moore, B.A. / Xu, Z.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: The crystal structure of ribosomal chaperone trigger factor from Vibrio cholerae.
著者: Ludlam, A.V. / Moore, B.A. / Xu, Z.
履歴
登録2004年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trigger factor
B: Trigger factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9612
ポリマ－86,9612
非ポリマー00
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area38910 Å2
手法PISA
2
A: Trigger factor
B: Trigger factor

A: Trigger factor
B: Trigger factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,9224
ポリマ－173,9224
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_645-x+1,-y-1,z1
Buried area11480 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area73690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.860, 189.860, 62.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
詳細The biological assembly is a dimer as represented in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Trigger factor / TF


分子量: 43480.574 Da / 分子数: 2 / 断片: TF truncation (residues 1-389) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: TIG, VC1923 / プラスミド: pSJ4 (modified pET21a) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KQS5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
13.26862Structure factor file contains Friedel's pairs
2Structure factor file contains Friedel's pairs
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法8.5ammonium sulfate, tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法9.5malonate, glycine, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1931
2931
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 5ID-B10.9498
シンクロトロンAPS 5ID-B20.9796, 0.9797, 1.0034
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2003年7月19日
MARRESEARCH2CCD2003年7月19日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1APS mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2APS mirrorsMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.94981
20.97961
30.97971
41.00341
反射解像度: 2.5→44.75 Å / Num. obs: 78740 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.47 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.16 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 3512 / Rsym value: 0.364 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
d*TREKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: Malonate crystal form solved with MAD (unpublished). Incomplete model from malonate form used for molecular replacement of ammonium sulfate data.

解像度: 2.5→44.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 195581.62 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Friedel's pairs were used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 6760 9.7 %RANDOM
Rwork0.239 ---
all-69335 --
obs-69335 92.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.8252 Å2 / ksol: 0.337212 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 60.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.18 Å20 Å20 Å2
2--4.18 Å20 Å2
3----8.36 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.61 Å0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5790 0 0 108 5898
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.451.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.532
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.172.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 952 9.2 %
Rwork0.367 9397 -
obs-9397 83.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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