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万見
- PDB-1t0v: NMR Solution Structure of the Engineered Lipocalin FluA(R95K) Nor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t0v
タイトルNMR Solution Structure of the Engineered Lipocalin FluA(R95K) Northeast Structural Genomics Target OR17
要素BILIN-BINDING PROTEIN
キーワードLIGAND BINDING PROTEIN / PIERIS BRASSICAE / LIPOCALIN / ANTICALIN / PROTEIN ENGINEERING / BETA-BARREL / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


pigment binding / cholesterol binding / response to reactive oxygen species / lipid metabolic process / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Invertebrate colouration protein / Lipocalin, ApoD type / Lipocalin family conserved site / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bilin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pieris brassicae (オオモンシロチョウ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing (DYANA)
データ登録者Mills, J.L. / Liu, G. / Skerra, A. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: NMR structure and dynamics of the engineered fluorescein-binding lipocalin FluA reveal rigidification of beta-barrel and variable loops upon enthalpy-driven ligand binding.
著者: Mills, J.L. / Liu, G. / Skerra, A. / Szyperski, T.
履歴
登録2004年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BILIN-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0311
ポリマ－21,0311
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 BILIN-BINDING PROTEIN / BBP / ANTICALIN FLUA


分子量: 21031.451 Da / 分子数: 1 / 変異: R95K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pieris brassicae (オオモンシロチョウ)
プラスミド: PBBP21-FLUA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: P09464

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D 15N-separated NOESY
1233D 15N-separated NOESY
1313D 13C-separated NOESY
1442D NOESY
1552D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7 mM FluA(R95K) U-13C,15N 150 mM NaCl 10 mM Na-PO4 0.2 mM EDTA 50 mM benzamidine pH 6.490% H2O/10% D2O
20.7 mM FluA(R95K) U-50% 2H,15N 150 mM NaCl 10 mM Na-PO4 0.2 mM EDTA 50 mM benzamidine pH 6.490% H2O/10% D2O
30.7 mM FluA(R95K) U-15N 150 mM NaCl 10 mM Na-PO4 0.2 mM EDTA 50 mM benzamidine pH 6.490% H2O/10% D2O
40.7 mM FluA(R95K) 150 mM NaCl 10 mM Na-PO4 0.2 mM EDTA 50 mM benzamidine pH 6.4100% D2O
50.7 mM FluA(R95K) 150 mM NaCl 10 mM Na-PO4 0.2 mM EDTA 50 mM benzamidine pH 6.490% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 150 mM NaCl; 10 mM Na-PO4; 50 mM benzamidine; 0.2 mM EDTA
pH: 6.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA9001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1bVariancollection
PROSA6.0.2Guntert解析
XEASY1.3.13Bartelsデータ解析
DYANA1.5Guntert構造決定
DYANA1.5Guntert精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing (DYANA) / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 2347 restraints, 2089 are NOE-derived distance constraints, 258 dihedral angle restraints
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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