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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1n0s | ||||||
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Title | ENGINEERED LIPOCALIN FLUA IN COMPLEX WITH FLUORESCEIN | ||||||
![]() | Bilin-binding protein | ||||||
![]() | BINDING PROTEIN / PIERIS BRASSICAE / LIPOCALIN / ANTICALIN / PROTEIN ENGINEERING / fluorescein | ||||||
Function / homology | ![]() pigment binding / cholesterol binding / response to reactive oxygen species / lipid metabolic process / extracellular region / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Korndoerfer, I.P. / Skerra, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystallographic analysis of an "anticalin" with tailored specificity for fluorescein reveals high structural plasticity of the lipocalin loop region. Authors: Korndorfer, I.P. / Beste, G. / Skerra, A. | ||||||
History |
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Remark 999 | SEQUENCE Swiss-Prot entry P09464 BBP_PIEBR is the sequence of the Bilin-binding protein (BBP) from ...SEQUENCE Swiss-Prot entry P09464 BBP_PIEBR is the sequence of the Bilin-binding protein (BBP) from P. brassicae, from wich this variant was created. Therefore, there are a number of residues which do not match the Swiss-Prot database sequence. |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 82.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 66.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1kxoS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Refine code: 6
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Details | FluA is a monomer in solution. The crystallographic dimer has probably no physiological relevance. |
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Components
#1: Protein | Mass: 21059.465 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.1 Details: 2.0 M (NH4)2SO4, 2% (w/v) PEG 400, 10 mM hepes/naoh, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 KK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction source | Source: ![]() |
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Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: AREA DETECTOR / Date: May 15, 2001 / Details: osmic confocal maxflux |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→99 Å / Num. all: 29552 / Num. obs: 29552 / % possible obs: 95.8 % / Redundancy: 5.39 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 17.64 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 2.73 % / Mean I/σ(I) obs: 2.73 / Num. unique all: 2956 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 96.1 |
Reflection | *PLUS Num. measured all: 79526 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 96.1 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1kxo Resolution: 2→63.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 4.365 / SU ML: 0.121 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.163 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.125 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→63.25 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 1009 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 2 Å / Lowest resolution: 99 Å / Rfactor Rfree: 0.243 / Rfactor Rwork: 0.193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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