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- PDB-1t0f: Crystal Structure of the TnsA/TnsC(504-555) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t0f
タイトルCrystal Structure of the TnsA/TnsC(504-555) complex
要素(Transposon Tn7 transposition protein ...) x 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / protein-protein complex / mixed alpha-beta
機能・相同性
機能・相同性情報


transposition / transposase activity / DNA transposition / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome / endonuclease activity / DNA recombination / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #30 / TnsA endonuclease C-terminal / TnsA endonuclease, N-terminal / TnsA endonuclease C terminal / TnsA-like endonuclease N terminal / Tn7 transposition regulator TnsC / Tn7 transposition regulator TnsC / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / : ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #30 / TnsA endonuclease C-terminal / TnsA endonuclease, N-terminal / TnsA endonuclease C terminal / TnsA-like endonuclease N terminal / Tn7 transposition regulator TnsC / Tn7 transposition regulator TnsC / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / : / AAA domain / tRNA endonuclease-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Restriction endonuclease type II-like / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONIC ACID / Transposon Tn7 transposition protein TnsC / Transposon Tn7 transposition protein TnsA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Ronning, D.R. / Li, Y. / Perez, Z.N. / Ross, P.D. / Hickman, A.B. / Craig, N.L. / Dyda, F.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: The carboxy-terminal portion of TnsC activates the Tn7 transposase through a specific interaction with TnsA.
著者: Ronning, D.R. / Li, Y. / Perez, Z.N. / Ross, P.D. / Hickman, A.B. / Craig, N.L. / Dyda, F.
#1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2000
タイトル: Unexpected structural diversity in DNA recombination: the restriction endonuclease connection.
著者: Hickman, A.B. / Li, Y. / Mathew, S.V. / May, E.W. / Craig, N.L. / Dyda, F.
履歴
登録2004年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年9月10日Group: Database references
改定 1.42015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.52017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.62023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transposon Tn7 transposition protein tnsA
B: Transposon Tn7 transposition protein tnsA
C: Transposon Tn7 transposition protein tnsC
D: Transposon Tn7 transposition protein tnsC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,17914
ポリマ－75,2284
非ポリマー95210
水6,395355
1
A: Transposon Tn7 transposition protein tnsA
C: Transposon Tn7 transposition protein tnsC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0977
ポリマ－37,6142
非ポリマー4835
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area16100 Å2
手法PISA
2
B: Transposon Tn7 transposition protein tnsA
D: Transposon Tn7 transposition protein tnsC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0837
ポリマ－37,6142
非ポリマー4695
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area15670 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9670 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area29680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.032, 70.112, 89.681
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Transposon Tn7 transposition protein ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Transposon Tn7 transposition protein tnsA


分子量: 31511.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: TNSA / プラスミド: pET30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P13988
#2: タンパク質 Transposon Tn7 transposition protein tnsC / Protein E


分子量: 6102.005 Da / 分子数: 2 / Fragment: Residues 504-555 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: TNSC / プラスミド: pET32 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P05846

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非ポリマー , 4種, 365分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: malonate, lithium sulfate, 2,4 methylpentanediol, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 66363 / Num. obs: 66363 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.91 Å / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Rsym value: 0.386 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F1Z

1f1z


解像度: 1.85→42.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 494976.55 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 3409 5.1 %RANDOM
Rwork0.211 ---
all0.211 66363 --
obs0.211 66363 96.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.9947 Å2 / ksol: 0.363691 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.5 Å20 Å23.78 Å2
2---4.09 Å20 Å2
3----0.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5041 0 63 355 5459
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.431.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.442.5
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 524 5.1 %
Rwork0.291 9692 -
obs--89.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4MLA.PARMLA.TOP
X-RAY DIFFRACTION5MPD.PARMPD.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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